論文の概要: Deep Learning Estimation of Multi-Tissue Constrained Spherical
Deconvolution with Limited Single Shell DW-MRI
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2002.08820v1
- Date: Thu, 20 Feb 2020 15:59:03 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-12-30 08:19:09.176113
- Title: Deep Learning Estimation of Multi-Tissue Constrained Spherical
Deconvolution with Limited Single Shell DW-MRI
- Title(参考訳): 単層DW-MRIを用いた多段拘束球面デコンボリューションの深層学習推定
- Authors: Vishwesh Nath, Sudhir K. Pathak, Kurt G. Schilling, Walt Schneider,
Bennett A. Landman
- Abstract要約: 深層学習は、第8次制約付き球面デコンボリューション(CSD)によって得られた情報内容を推定するために用いられる。
2つのネットワークアーキテクチャについて検討する: 中央に残留ブロックを持つ完全連結層からなる逐次ネットワーク(ResDNN)と、残ブロックを持つパッチベースの畳み込みニューラルネットワーク(ResCNN)。
繊維配向分布関数 (fODF) はマルチシェルDW-MRIの取得から得られたMT-CSTの基底的真実と比較して高い相関で復元できる。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 2.903217519429591
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Diffusion-weighted magnetic resonance imaging (DW-MRI) is the only
non-invasive approach for estimation of intra-voxel tissue microarchitecture
and reconstruction of in vivo neural pathways for the human brain. With
improvement in accelerated MRI acquisition technologies, DW-MRI protocols that
make use of multiple levels of diffusion sensitization have gained popularity.
A well-known advanced method for reconstruction of white matter microstructure
that uses multi-shell data is multi-tissue constrained spherical deconvolution
(MT-CSD). MT-CSD substantially improves the resolution of intra-voxel structure
over the traditional single shell version, constrained spherical deconvolution
(CSD). Herein, we explore the possibility of using deep learning on single
shell data (using the b=1000 s/mm2 from the Human Connectome Project (HCP)) to
estimate the information content captured by 8th order MT-CSD using the full
three shell data (b=1000, 2000, and 3000 s/mm2 from HCP). Briefly, we examine
two network architectures: 1.) Sequential network of fully connected dense
layers with a residual block in the middle (ResDNN), 2.) Patch based
convolutional neural network with a residual block (ResCNN). For both networks
an additional output block for estimation of voxel fraction was used with a
modified loss function. Each approach was compared against the baseline of
using MT-CSD on all data on 15 subjects from the HCP divided into 5 training, 2
validation, and 8 testing subjects with a total of 6.7 million voxels. The
fiber orientation distribution function (fODF) can be recovered with high
correlation (0.77 vs 0.74 and 0.65) as compared to the ground truth of MT-CST,
which was derived from the multi-shell DW-MRI acquisitions. Source code and
models have been made publicly available.
- Abstract(参考訳): diffusion-weighted magnetic resonance imaging (dw-mri)は、脳内微小組織の推定と生体内神経経路の再構築のための唯一の非侵襲的アプローチである。
高速化されたMRI取得技術の改善により、複数のレベルの拡散感作を利用するDW-MRIプロトコルが人気を博している。
マルチシェルデータを用いた白色物質の微細構造再構築手法として,多段拘束球面デコンボリューション(MT-CSD)がある。
MT-CSDは、従来の単一殻型、制約付き球状デコンボリューション(CSD)よりもボクセル内構造の分解能を大幅に向上させる。
そこで本研究では,Human Connectome Project (HCP) のb=1000 s/mm2を用いて,全3殻データ(b=1000, 2000, 3000 s/mm2)を用いて8次MT-CSDで取得した情報量を推定する。
簡単に言えば、2つのネットワークアーキテクチャを調べます。
1 中央に残留ブロックを有する完全連結密集層(resdnn)の逐次ネットワーク
2)残差ブロック(ResCNN)を用いたパッチベースの畳み込みニューラルネットワーク。
どちらのネットワークに対しても、ボクセル分率を推定するための追加の出力ブロックが改良された損失関数で使用された。
各アプローチは, MT-CSDを5つのトレーニング, 2つのバリデーション, 8つの被験者に分け, 合計670万ボクセルの被験者15名を対象に, MT-CSDのベースラインと比較した。
繊維配向分布関数 (fODF) は, 多殻DW-MRIから得られたMT-CSTの基底真実と比較して高い相関(0.77 vs 0.74 and 0.65)で回収できる。
ソースコードとモデルは公開されている。
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