論文の概要: Ontology-driven weak supervision for clinical entity classification in
electronic health records
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2008.01972v2
- Date: Tue, 6 Apr 2021 04:11:52 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-11-02 17:38:25.858924
- Title: Ontology-driven weak supervision for clinical entity classification in
electronic health records
- Title(参考訳): 電子健康記録におけるオントロジーによる臨床実体分類の弱監督
- Authors: Jason A. Fries, Ethan Steinberg, Saelig Khattar, Scott L. Fleming,
Jose Posada, Alison Callahan, Nigam H. Shah
- Abstract要約: 医用および専門的ルールを用いた弱教師付きエンティティ分類のためのフレームワークであるTroveを提案する。
手書きのメモとは異なり、私たちのアプローチは共有や修正が容易ですが、手動でラベル付けされたトレーニングデータに匹敵するパフォーマンスを提供しています。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 6.815543071244677
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: In the electronic health record, using clinical notes to identify entities
such as disorders and their temporality (e.g. the order of an event relative to
a time index) can inform many important analyses. However, creating training
data for clinical entity tasks is time consuming and sharing labeled data is
challenging due to privacy concerns. The information needs of the COVID-19
pandemic highlight the need for agile methods of training machine learning
models for clinical notes. We present Trove, a framework for weakly supervised
entity classification using medical ontologies and expert-generated rules. Our
approach, unlike hand-labeled notes, is easy to share and modify, while
offering performance comparable to learning from manually labeled training
data. In this work, we validate our framework on six benchmark tasks and
demonstrate Trove's ability to analyze the records of patients visiting the
emergency department at Stanford Health Care for COVID-19 presenting symptoms
and risk factors.
- Abstract(参考訳): 電子健康記録において、障害やその時間性(例えば、時間指数に対する事象の順序)などの実体を特定するために臨床メモを用いると、多くの重要な分析を知ることができる。
しかし、臨床エンティティタスクのためのトレーニングデータの作成には時間がかかり、プライバシー上の懸念からラベル付きデータの共有は困難である。
新型コロナウイルス(COVID-19)パンデミックに関する情報ニーズは、臨床ノートのために機械学習モデルをトレーニングするアジャイルメソッドの必要性を強調している。
医用オントロジーとエキスパート生成ルールを用いた弱教師付きエンティティ分類のためのフレームワークであるTroveを提案する。
私たちのアプローチは、手書きのメモとは異なり、共有や修正が容易ですが、手書きのトレーニングデータから学習に匹敵するパフォーマンスを提供しています。
本研究では,6つのベンチマークタスクの枠組みを検証し,症状とリスクファクターを呈するスタンフォード・ヘルス・ケアの救急部門を訪れた患者の記録を分析できるトロープの能力を実証する。
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