論文の概要: BioALBERT: A Simple and Effective Pre-trained Language Model for
Biomedical Named Entity Recognition
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2009.09223v1
- Date: Sat, 19 Sep 2020 12:58:47 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-10-16 21:19:44.396469
- Title: BioALBERT: A Simple and Effective Pre-trained Language Model for
Biomedical Named Entity Recognition
- Title（参考訳）: bioalbert:生体医学的実体認識のためのシンプルで効果的な事前学習言語モデル
- Authors: Usman Naseem, Matloob Khushi, Vinay Reddy, Sakthivel Rajendran, Imran
Razzak, Jinman Kim
- Abstract要約: 既存のBioNERアプローチはこれらの問題を無視し、最先端(SOTA)モデルを直接採用することが多い。
本稿では,大規模バイオメディカルコーパスを用いた効果的なドメイン固有言語モデルであるALBERTを提案する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 9.05154470433578
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: In recent years, with the growing amount of biomedical documents, coupled
with advancement in natural language processing algorithms, the research on
biomedical named entity recognition (BioNER) has increased exponentially.
However, BioNER research is challenging as NER in the biomedical domain are:
(i) often restricted due to limited amount of training data, (ii) an entity can
refer to multiple types and concepts depending on its context and, (iii) heavy
reliance on acronyms that are sub-domain specific. Existing BioNER approaches
often neglect these issues and directly adopt the state-of-the-art (SOTA)
models trained in general corpora which often yields unsatisfactory results. We
propose biomedical ALBERT (A Lite Bidirectional Encoder Representations from
Transformers for Biomedical Text Mining) bioALBERT, an effective
domain-specific language model trained on large-scale biomedical corpora
designed to capture biomedical context-dependent NER. We adopted a
self-supervised loss used in ALBERT that focuses on modelling inter-sentence
coherence to better learn context-dependent representations and incorporated
parameter reduction techniques to lower memory consumption and increase the
training speed in BioNER. In our experiments, BioALBERT outperformed
comparative SOTA BioNER models on eight biomedical NER benchmark datasets with
four different entity types. We trained four different variants of BioALBERT
models which are available for the research community to be used in future
research.
- Abstract（参考訳）: 近年,バイオメディカル文書の増加とともに,自然言語処理アルゴリズムの進歩とともに,バイオメディカル名称の実体認識(BioNER)の研究が指数関数的に増加している。
しかし、バイオNERの研究は、生物医学領域におけるNERが示すように困難である。
(i)訓練データの量が少ないため、しばしば制限される。
(ii)エンティティはそのコンテキストに応じて複数のタイプや概念を参照することができる。
(iii)サブドメイン特有の頭字語に依存すること。
既存のBioNERアプローチはこれらの問題を無視し、一般的なコーパスで訓練された最先端(SOTA)モデルを直接採用する。
本稿では,生物医学的文脈依存型nerを捉えるために設計された大規模生物医学コーパスに基づく効果的なドメイン固有言語モデルとして,生物医学的アルバート(生物医学的テキストマイニング用トランスフォーマーからのライト双方向エンコーダ表現)を提案する。
ALBERTでは,文脈依存表現をよりよく学習するために文間コヒーレンスをモデル化し,メモリ消費を低減し,BioNERのトレーニング速度を向上するためにパラメータ削減技術を導入した。
実験では,4種類のエンティティを持つ8つのバイオメディカルNERベンチマークデータセットにおいて,SOTA BioNERモデルよりも優れた性能を示した。
我々は、研究コミュニティが将来の研究で使用できる4種類のバイオアルバートモデルを訓練した。
関連論文リスト
- Augmenting Biomedical Named Entity Recognition with General-domain Resources [47.24727904076347]
ニューラルネットワークに基づくバイオメディカル名前付きエンティティ認識(BioNER)モデルのトレーニングは通常、広範囲でコストのかかる人的アノテーションを必要とする。
GERBERAは、一般ドメインのNERデータセットをトレーニングに利用した、単純なyet効率の手法である。
我々は,81,410インスタンスからなる8つのエンティティタイプの5つのデータセットに対して,GERBERAを体系的に評価した。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-06-15T15:28:02Z) - Multi-level biomedical NER through multi-granularity embeddings and
enhanced labeling [3.8599767910528917]
本稿では,複数のモデルの強みを統合するハイブリッドアプローチを提案する。
BERTは、文脈化された単語の埋め込み、文字レベルの情報キャプチャのための事前訓練されたマルチチャネルCNN、およびテキスト内の単語間の依存関係のシーケンスラベリングとモデル化のためのBiLSTM + CRFを提供する。
我々は、ベンチマークi2b2/2010データセットを用いて、F1スコア90.11を達成する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-12-24T21:45:36Z) - Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using
Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。
バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。
計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z) - Biomedical Language Models are Robust to Sub-optimal Tokenization [30.175714262031253]
現代のバイオメディカル言語モデル(LM)は、標準的なドメイン固有のトークン化器を用いて事前訓練されている。
より正確なバイオメディカルトークン化器を用いたバイオメディカルLMの事前トレーニングでは,言語モデルの実体表現品質が向上しないことがわかった。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-06-30T13:35:24Z) - BiomedGPT: A Generalist Vision-Language Foundation Model for Diverse Biomedical Tasks [68.39821375903591]
汎用AIは、さまざまなデータ型を解釈する汎用性のために、制限に対処する可能性を秘めている。
本稿では,最初のオープンソースかつ軽量な視覚言語基盤モデルであるBiomedGPTを提案する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-05-26T17:14:43Z) - BioAug: Conditional Generation based Data Augmentation for Low-Resource
Biomedical NER [52.79573512427998]
低リソースBioNERのための新しいデータ拡張フレームワークであるBioAugを紹介する。
BioAugは、選択的マスキングと知識増強に基づく新しいテキスト再構築タスクを解決するために訓練されている。
5つのベンチマークBioNERデータセットに対するBioAugの有効性を示す。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-05-18T02:04:38Z) - AIONER: All-in-one scheme-based biomedical named entity recognition
using deep learning [7.427654811697884]
AIONERは最先端のディープラーニングとAIOスキーマに基づく汎用BioNERツールである。
AIONERは効果的で堅牢で、マルチタスク学習のような最先端のアプローチと好適に比較できる。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-11-30T12:35:00Z) - BioGPT: Generative Pre-trained Transformer for Biomedical Text
Generation and Mining [140.61707108174247]
本稿では,大規模生物医学文献に基づいて事前学習したドメイン固有生成型トランスフォーマー言語モデルであるBioGPTを提案する。
BC5CDRでは44.98%、38.42%、40.76%のF1スコア、KD-DTIとDDIの関係抽出タスクでは78.2%、PubMedQAでは78.2%の精度が得られた。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-10-19T07:17:39Z) - On the Effectiveness of Compact Biomedical Transformers [12.432191400869002]
バイオメディカルコーパスで事前訓練された言語モデルは、最近下流のバイオメディカルタスクにおいて有望な結果を示した。
既存のトレーニング済みモデルの多くは、埋め込みサイズ、隠れ次元、層数などの要因により、リソース集約的で計算的に重い。
本稿では,BioDistilBERT,BioTinyBERT,BioMobileBERT,DistilBioBERT,TinyBioBERT,CompactBioBERTの6つの軽量モデルを紹介する。
3つのバイオメディカルなタスクで全てのモデルを評価し、それらをBioBERT-v1.1と比較し、より大規模なモデルと同等に動作する効率的な軽量モデルを作成する。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-09-07T14:24:04Z) - Domain-Specific Language Model Pretraining for Biomedical Natural
Language Processing [73.37262264915739]
バイオメディシンなどのラベルなしテキストの少ないドメインでは、スクラッチから言語モデルを事前学習することで、かなりの利益が得られることを示す。
実験の結果, ドメイン固有のプレトレーニングは, 幅広い生物医学的NLPタスクの基盤となることが明らかとなった。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-07-31T00:04:15Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。