論文の概要: An efficient representation of chronological events in medical texts
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2010.08433v2
- Date: Sat, 24 Oct 2020 21:52:03 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-10-06 21:32:12.791818
- Title: An efficient representation of chronological events in medical texts
- Title(参考訳): 医学文献における時系列事象の効率的な表現
- Authors: Andrey Kormilitzin, Nemanja Vaci, Qiang Liu, Hao Ni, Goran Nenadic,
Alejo Nevado-Holgado
- Abstract要約: 臨床ノートで利用可能な時系列イベントから学習するための体系的手法を提案した。
提案手法は,任意の種類の逐次イベントの非パラメトリック階層表現を生成する。
この手法は、英国で最大の中等医療精神保健 EHR データを用いて開発され、外部で検証された。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 9.118144540451514
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: In this work we addressed the problem of capturing sequential information
contained in longitudinal electronic health records (EHRs). Clinical notes,
which is a particular type of EHR data, are a rich source of information and
practitioners often develop clever solutions how to maximise the sequential
information contained in free-texts. We proposed a systematic methodology for
learning from chronological events available in clinical notes. The proposed
methodological {\it path signature} framework creates a non-parametric
hierarchical representation of sequential events of any type and can be used as
features for downstream statistical learning tasks. The methodology was
developed and externally validated using the largest in the UK secondary care
mental health EHR data on a specific task of predicting survival risk of
patients diagnosed with Alzheimer's disease. The signature-based model was
compared to a common survival random forest model. Our results showed a
15.4$\%$ increase of risk prediction AUC at the time point of 20 months after
the first admission to a specialist memory clinic and the signature method
outperformed the baseline mixed-effects model by 13.2 $\%$.
- Abstract(参考訳): 本研究では,縦型電子健康記録(EHR)に含まれるシーケンシャルな情報を収集する問題に対処した。
特定のタイプのehrデータである臨床ノートは豊富な情報ソースであり、実践者はフリーテキストに含まれるシーケンシャルな情報を最大化する方法を巧みに解決することが多い。
臨床ノートで利用可能な時系列イベントから学習するための体系的手法を提案した。
提案手法は,任意の種類の逐次事象を非パラメトリック階層的に表現し,下流の統計的学習タスクの特徴として利用することができる。
この手法は、アルツハイマー病と診断された患者の生存リスクを予測するための特定のタスクにおいて、英国で最大の中等ケア精神保健 EHR データを用いて、開発および外部から検証された。
シグネチャベースのモデルは、一般的なサバイバルランダムフォレストモデルと比較された。
その結果、専門的記憶クリニックへの初入院から20か月後のリスク予測aucは15.4$\%$上昇し、シグネチャ法はベースライン混合効果モデルよりも13.2$\%$を上回った。
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