論文の概要: Neural Language Models with Distant Supervision to Identify Major
Depressive Disorder from Clinical Notes
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2104.09644v1
- Date: Mon, 19 Apr 2021 21:11:41 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-04-21 13:52:00.786760
- Title: Neural Language Models with Distant Supervision to Identify Major
Depressive Disorder from Clinical Notes
- Title(参考訳): 臨床ノートから主うつ病性障害を識別するための遠隔監視型ニューラルランゲージモデル
- Authors: Bhavani Singh Agnikula Kshatriya, Nicolas A Nunez, Manuel Gardea-
Resendez, Euijung Ryu, Brandon J Coombes, Sunyang Fu, Mark A Frye, Joanna M
Biernacka, Yanshan Wang
- Abstract要約: 大うつ病 (Major depressive disorder, MDD) は、世界中で深刻な医療負担を伴う精神疾患である。
近年、Bidirectional Representations for Transformers (BERT) モデルなどのニューラルネットワークモデルが進歩し、最先端のニューラルネットワークモデルが生まれた。
臨床ノートからMDD表現型を同定するために,遠隔監視パラダイムでニューラルネットワークモデルを活用することを提案する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 2.1060613825447407
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Major depressive disorder (MDD) is a prevalent psychiatric disorder that is
associated with significant healthcare burden worldwide. Phenotyping of MDD can
help early diagnosis and consequently may have significant advantages in
patient management. In prior research MDD phenotypes have been extracted from
structured Electronic Health Records (EHR) or using Electroencephalographic
(EEG) data with traditional machine learning models to predict MDD phenotypes.
However, MDD phenotypic information is also documented in free-text EHR data,
such as clinical notes. While clinical notes may provide more accurate
phenotyping information, natural language processing (NLP) algorithms must be
developed to abstract such information. Recent advancements in NLP resulted in
state-of-the-art neural language models, such as Bidirectional Encoder
Representations for Transformers (BERT) model, which is a transformer-based
model that can be pre-trained from a corpus of unsupervised text data and then
fine-tuned on specific tasks. However, such neural language models have been
underutilized in clinical NLP tasks due to the lack of large training datasets.
In the literature, researchers have utilized the distant supervision paradigm
to train machine learning models on clinical text classification tasks to
mitigate the issue of lacking annotated training data. It is still unknown
whether the paradigm is effective for neural language models. In this paper, we
propose to leverage the neural language models in a distant supervision
paradigm to identify MDD phenotypes from clinical notes. The experimental
results indicate that our proposed approach is effective in identifying MDD
phenotypes and that the Bio- Clinical BERT, a specific BERT model for clinical
data, achieved the best performance in comparison with conventional machine
learning models.
- Abstract(参考訳): 大うつ病 (Major depressive disorder, MDD) は、世界中で深刻な医療負担を伴う精神疾患である。
mddの表現型は早期診断の助けとなり、患者の管理に重要な利点がある。
以前の研究では、mdd表現型は構造化電子健康記録(ehr)や脳波(eeg)データから抽出され、従来の機械学習モデルを用いてmdd表現型を予測する。
しかし、MDDの表現型情報は、臨床ノートなどの自由テキストEHRデータにも記録されている。
臨床ノートはより正確な表現型情報を提供するが、自然言語処理(NLP)アルゴリズムはそのような情報を抽象化するために開発する必要がある。
nlpの最近の進歩により、トランスフォーマー(bert)モデルのための双方向エンコーダ表現(bidirectional encoder representations for transformers)のような最先端のニューラルネットワークモデルが生まれた。
しかし、そのようなニューラルネットワークモデルは、大規模なトレーニングデータセットが不足しているため、臨床NLPタスクでは使われていない。
論文では,遠隔指導パラダイムを用いて臨床テキスト分類タスクにおける機械学習モデルを訓練し,注釈付き訓練データの欠如問題を軽減した。
このパラダイムがニューラルネットワークモデルに有効かどうかはまだ分かっていない。
本稿では,臨床ノートからMDD表現型を識別するために,遠隔監視パラダイムのニューラルネットワークモデルを活用することを提案する。
実験結果から,本手法はMDD表現型同定に有効であり,臨床データに特有のBERTモデルであるBio- Clinical BERTが従来の機械学習モデルと比較して優れた性能を示した。
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