論文の概要: High-resolution Image Registration of Consecutive and Re-stained
Sections in Histopathology
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2106.13150v1
- Date: Thu, 24 Jun 2021 16:25:28 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-06-25 18:05:05.735899
- Title: High-resolution Image Registration of Consecutive and Re-stained
Sections in Histopathology
- Title(参考訳): 病理組織における連続・再狭窄領域の高分解能画像登録
- Authors: Johannes Lotz, Nick Weiss, Jeroen van der Laak, StefanHeldmann
- Abstract要約: 組織学的検討から, 結節部と再狭窄部における画像の変動について比較した。
我々は、非パラメトリック(非線形)画像登録のための完全自動アルゴリズムを提案し、ANHIRチャレンジから既存のデータセットに適用する。
非パラメトリック登録は,再留置区間において効果が小さくても,両症例ともランドマーク誤差が小さくなることが観察された。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 3.3275315654993842
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
- Abstract: We compare variational image registration in consectutive and re-stained
sections from histopathology. We present a fully-automatic algorithm for
non-parametric (nonlinear) image registration and apply it to a previously
existing dataset from the ANHIR challenge (230 slide pairs, consecutive
sections) and a new dataset (hybrid re-stained and consecutive, 81 slide pairs,
ca. 3000 landmarks) which is made publicly available. Registration
hyperparameters are obtained in the ANHIR dataset and applied to the new
dataset without modification. In the new dataset, landmark errors after
registration range from 13.2 micrometers for consecutive sections to 1
micrometer for re-stained sections. We observe that non-parametric registration
leads to lower landmark errors in both cases, even though the effect is smaller
in re-stained sections. The nucleus-level alignment after non-parametric
registration of re-stained sections provides a valuable tool to generate
automatic ground-truth for machine learning applications in histopathology.
- Abstract(参考訳): 病理組織学的検討から, 変分画像登録法と再保存区間の比較を行った。
非パラメトリック(非線形)画像登録のための完全自動アルゴリズムを提案し、anhirチャレンジ(230個のスライドペア、連続セクション)と新しいデータセット(ハイブリッド再保存および連続、81個のスライドペア、ca)の既存のデータセットに適用する。
3000のランドマーク)が公開されている。
ANHIRデータセットで登録ハイパーパラメータを取得し、修正せずに新しいデータセットに適用する。
新しいデータセットでは、登録後のランドマークエラーは、連続セクションの13.2マイクロメートルから再保存セクションの1マイクロメートルまで様々である。
非パラメトリック登録は,再留置区間で効果が小さくても,両症例ともランドマーク誤差が低いことが観察された。
再安定断面の非パラメトリックな登録後の核レベルのアライメントは、病理学における機械学習応用のための自動基底構造を生成する貴重なツールを提供する。
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