論文の概要: Inter-Species Cell Detection: Datasets on pulmonary hemosiderophages in equine, human and feline specimens

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2108.08529v1
• Date: Thu, 19 Aug 2021 06:57:33 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2021-08-20 14:14:54.572096
• Title: Inter-Species Cell Detection: Datasets on pulmonary hemosiderophages in equine, human and feline specimens
• Title（参考訳）: 異種間細胞検出:ウマ,ヒト,ネコの肺溶血性マクロファージのデータセット
• Authors: Christian Marzahl and Jenny Hill and Jason Stayt and Dorothee Bienzle and Lutz Welker and Frauke Wilm and J\"orn Voigt and Marc Aubreville and Andreas Maier and Robert Klopfleisch and Katharina Breininger and Christof A. Bertram
• Abstract要約: 肺出血(P-Hem)は多種多様な原因がある。 そこで本研究では, 74個のスライド画像(WSI)からなり, ウマ, ネコおよびヒトのサンプルからなる, 完全注釈付き多種多種P-Hemデータセットを提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.440463265335838
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Pulmonary hemorrhage (P-Hem) occurs among multiple species and can have various causes. Cytology of bronchoalveolarlavage fluid (BALF) using a 5-tier scoring system of alveolar macrophages based on their hemosiderin content is considered the most sensitive diagnostic method. We introduce a novel, fully annotated multi-species P-Hem dataset which consists of 74 cytology whole slide images (WSIs) with equine, feline and human samples. To create this high-quality and high-quantity dataset, we developed an annotation pipeline combining human expertise with deep learning and data visualisation techniques. We applied a deep learning-based object detection approach trained on 17 expertly annotated equine WSIs, to the remaining 39 equine, 12 human and 7 feline WSIs. The resulting annotations were semi-automatically screened for errors on multiple types of specialised annotation maps and finally reviewed by a trained pathologists. Our dataset contains a total of 297,383 hemosiderophages classified into five grades. It is one of the largest publicly availableWSIs datasets with respect to the number of annotations, the scanned area and the number of species covered.
• Abstract（参考訳）: 肺出血 (p-hem) は複数の種で発生し、様々な原因を持つ。 ヘモシドリン含量に基づく肺胞マクロファージの5層スコアリングシステムを用いた気管支肺胞洗浄液(balf)の細胞診は最も感度の高い診断方法と考えられる。 本稿では, 74個の細胞学全スライド画像(wsis)とウマ, ネコおよびヒトのサンプルからなる, 完全に注釈付き多種多種多種多種体データセットについて紹介する。 この高品質で高品質なデータセットを作成するために、人間の専門知識とディープラーニングとデータ視覚化技術を組み合わせたアノテーションパイプラインを開発した。 専門的な注釈付きWSIを訓練した深層学習に基づく物体検出手法を,残りの39種,12種,7種のWSIに適用した。 得られたアノテーションは、複数の種類の特化アノテーションマップのエラーを半自動でスクリーニングし、最終的に訓練された病理学者によってレビューされた。 本データセットは5つのグレードに分類した297,383個のヘモサイドローファージを含む。 これは、アノテーションの数、スキャンされた領域、カバーされている種数に関して、最も大きな公開可能なデータセットの1つである。

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