論文の概要: Pre-trained Language Models in Biomedical Domain: A Survey from Multiscale Perspective

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2110.05006v1
• Date: Mon, 11 Oct 2021 05:30:30 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2021-10-13 06:24:19.860797
• Title: Pre-trained Language Models in Biomedical Domain: A Survey from Multiscale Perspective
• Title（参考訳）: 生物医学領域における事前学習言語モデル:マルチスケールの視点から
• Authors: Benyou Wang, Qianqian Xie, Jiahuan Pei, Prayag Tiwari, Zhao Li, and Jie fu
• Abstract要約: 事前訓練された言語モデルは、ほとんどの自然言語処理(NLP)タスクのデファクトパラダイムとなっている。 本稿では,生物医学領域における事前学習言語モデルの最近の進歩を要約する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 25.356707197929918
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Pre-trained language models have been the de facto paradigm for most natural language processing (NLP) tasks. In the biomedical domain, which also benefits from NLP techniques, various pre-trained language models were proposed by leveraging domain datasets including biomedical literature, biomedical social medial, electronic health records, and other biological sequences. Large amounts of efforts have been explored on applying these biomedical pre-trained language models to downstream biomedical tasks, from informatics, medicine, and computer science (CS) communities. However, it seems that the vast majority of existing works are isolated from each other probably because of the cross-discipline characteristics. It is expected to propose a survey that not only systematically reviews recent advances of biomedical pre-trained language models and their applications but also standardizes terminology, taxonomy, and benchmarks. Therefore, this paper summarizes the recent progress of pre-trained language models used in the biomedical domain. Particularly, an overview and taxonomy of existing biomedical pre-trained language models as well as their applications in biomedical downstream tasks are exhaustively discussed. At last, we illustrate various limitations and future trends, which we hope can provide inspiration for the future research.
• Abstract（参考訳）: 事前学習された言語モデルは、ほとんどの自然言語処理(nlp)タスクのデファクトパラダイムである。 NLP技術にもメリットがある生物医学領域では、バイオメディカル文献、バイオメディカルソーシャルメディカル、電子健康記録、その他の生物学的配列を含むドメインデータセットを活用することにより、様々な事前訓練言語モデルが提案された。 情報学、医学、コンピュータサイエンス(CS)のコミュニティから下流のバイオメディカル・タスクにこれらのバイオメディカル・プレトレーニング言語モデルを適用するための多くの取り組みが検討されている。 しかし、現存する作品の大部分は、おそらく学際的な特徴から、互いに孤立していると思われる。 バイオメディカル事前学習言語モデルとその応用の最近の進歩を体系的にレビューするだけでなく、用語、分類学、ベンチマークを標準化する調査を提案することが期待される。 そこで本稿では,生物医学領域で使用される事前学習言語モデルの最近の進歩を概説する。 特に,既存の生物医学事前訓練言語モデルの概要と分類,および生物医学下流課題への応用について概説した。 最後に、私たちはさまざまな制限と今後のトレンドを説明し、今後の研究にインスピレーションを与えたいと思っています。

関連論文リスト

• An Evaluation of Large Language Models in Bioinformatics Research [52.100233156012756]
  本研究では,大規模言語モデル(LLM)の性能について,バイオインフォマティクスの幅広い課題について検討する。 これらのタスクには、潜在的なコーディング領域の同定、遺伝子とタンパク質の命名されたエンティティの抽出、抗微生物および抗がんペプチドの検出、分子最適化、教育生物情報学問題の解決が含まれる。 以上の結果から, GPT 変種のような LLM がこれらのタスクの多くをうまく処理できることが示唆された。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-02-21T11:27:31Z)
• Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
  我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。 バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。 計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z)
• BioLORD-2023: Semantic Textual Representations Fusing LLM and Clinical Knowledge Graph Insights [15.952942443163474]
  バイオメディカルな概念と文の高忠実度表現を得るための新しい最先端手法を提案する。 これまでの技術状況よりも一貫した、実質的なパフォーマンス向上を実証する。 英語のための最新のバイオメディカルモデルに加えて、50以上の言語と互換性のある多言語モデルを蒸留してリリースする。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-11-27T18:46:17Z)
• Bio-SIEVE: Exploring Instruction Tuning Large Language Models for Systematic Review Automation [6.452837513222072]
  LLM(Large Language Models)は、医学的体系的レビューのための文献スクリーニングをサポートすることができる。 私たちのベストモデルであるBio-SIEVEは、ChatGPTとトレーニングされた伝統的なアプローチの両方より優れています。 バイオSIEVEは, バイオメディカル・システマティック・レビューのプロセスにおいて, LLMを専門化するための重要なステップであると考えている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-08-12T16:56:55Z)
• Biomedical Language Models are Robust to Sub-optimal Tokenization [30.175714262031253]
  現代のバイオメディカル言語モデル(LM)は、標準的なドメイン固有のトークン化器を用いて事前訓練されている。 より正確なバイオメディカルトークン化器を用いたバイオメディカルLMの事前トレーニングでは,言語モデルの実体表現品質が向上しないことがわかった。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-06-30T13:35:24Z)
• LLaVA-Med: Training a Large Language-and-Vision Assistant for Biomedicine in One Day [85.19963303642427]
  本稿では,バイオメディカルイメージのオープンな研究課題に答えられる視覚言語対話アシスタントを訓練するための費用効率のよいアプローチを提案する。 モデルはまず、フィギュア・キャプションのペアを使ってバイオメディカル・ボキャブラリをアライメントし、その後、オープンエンドの会話意味論を習得する。 これにより、バイオメディジンのための大規模言語と視覚アシスタントを15時間以内で(8つのA100で)訓練することができる。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-06-01T16:50:07Z)
• BiomedCLIP: a multimodal biomedical foundation model pretrained from fifteen million scientific image-text pairs [48.376109878173956]
  PMC-15Mは,既存のバイオメディカル・マルチモーダル・データセットよりも2桁大きい新しいデータセットである。 PMC-15Mは440万の科学論文から収集された1500万のバイオメディカル画像テキスト対を含んでいる。 PMC-15Mに基づいて,生物医学的視覚言語処理に適したドメイン固有適応を備えた多モーダル基礎モデルであるBiomedCLIPを事前訓練した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-03-02T02:20:04Z)
• BioGPT: Generative Pre-trained Transformer for Biomedical Text Generation and Mining [140.61707108174247]
  本稿では,大規模生物医学文献に基づいて事前学習したドメイン固有生成型トランスフォーマー言語モデルであるBioGPTを提案する。 BC5CDRでは44.98%、38.42%、40.76%のF1スコア、KD-DTIとDDIの関係抽出タスクでは78.2%、PubMedQAでは78.2%の精度が得られた。
  論文  参考訳（メタデータ） (2022-10-19T07:17:39Z)
• BioBART: Pretraining and Evaluation of A Biomedical Generative Language Model [1.1764594853212893]
  本稿では,BARTをバイオメディカル領域に適応させる生成言語モデルBioBARTを紹介する。 我々は、対話、要約、エンティティリンク、名前付きエンティティ認識など、様々なバイオメディカル言語生成タスクを照合する。 PubMedの抽象化で事前訓練されたBioBARTは、BARTと比較してパフォーマンスが向上し、いくつかのタスクに強いベースラインが設定されている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2022-04-08T08:07:42Z)
• Domain-Specific Language Model Pretraining for Biomedical Natural Language Processing [73.37262264915739]
  バイオメディシンなどのラベルなしテキストの少ないドメインでは、スクラッチから言語モデルを事前学習することで、かなりの利益が得られることを示す。 実験の結果, ドメイン固有のプレトレーニングは, 幅広い生物医学的NLPタスクの基盤となることが明らかとなった。
  論文  参考訳（メタデータ） (2020-07-31T00:04:15Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。

指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。