論文の概要: Secondary Use of Clinical Problem List Entries for Neural Network-Based
Disease Code Assignment
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2112.13756v1
- Date: Mon, 27 Dec 2021 16:11:05 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-12-28 18:23:57.134077
- Title: Secondary Use of Clinical Problem List Entries for Neural Network-Based
Disease Code Assignment
- Title(参考訳): ニューラルネットワークによる疾患コードアサインメントのための臨床問題リストの二次的活用
- Authors: Markus Kreuzthaler and Stefan Schulz
- Abstract要約: 国際疾患分類(ICD-10)を用いた50文字長大臨床問題リストの自動符号化の検討
上位100のICD-103桁符号上で,3種類のネットワークアーキテクチャを評価した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 1.8528929583956728
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Clinical information systems have become large repositories for
semi-structured annotated healthcare data, which have reached a critical mass
that makes them interesting for supervised data-driven neural network
approaches. We explored automated coding of 50 character long clinical problem
list entries using the International Classification of Diseases (ICD-10) and
evaluated three different types of network architectures on the top 100 ICD-10
three-digit codes. A fastText baseline reached a macro-averaged F1-measure of
0.83, followed by a character-level LSTM with a macro-averaged F1-measure of
0.84. Top performing was a downstreamed RoBERTa model using a custom language
model with a macro-averaged F1-measure of 0.88. A neural network activation
analysis together with an investigation of the false positives and false
negatives unveiled inconsistent manual coding as a main limiting factor.
- Abstract(参考訳): 臨床情報システムは、半構造化アノテートされた医療データのための大規模なリポジトリとなり、教師付きデータ駆動ニューラルネットワークアプローチで興味深い重要な質量に達している。
国際疾病分類分類(icd-10)を用いて50文字の長期臨床課題リスト項目の自動符号化を行い、上位100のicd-103桁コードで3種類のネットワークアーキテクチャを評価した。
fastTextベースラインは、マクロ平均F1測定値0.83に達し、その後、マクロ平均F1測定値0.84の文字レベルLSTMが続いた。
トップパフォーマンスは、マクロ平均F1測定値0.88のカスタム言語モデルを使用した、ダウンストリームのRoBERTaモデルである。
ニューラルネットワークのアクティベーション解析と偽陽性と偽陰性の調査により、手作業による符号化が主な制限要因であることが明らかとなった。
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