論文の概要: A deep learning pipeline for breast cancer ki-67 proliferation index
scoring
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2203.07452v1
- Date: Mon, 14 Mar 2022 19:13:06 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-03-16 15:42:37.931595
- Title: A deep learning pipeline for breast cancer ki-67 proliferation index
scoring
- Title(参考訳): 乳癌Ki-67増殖指数スコアのための深層学習パイプライン
- Authors: Khaled Benaggoune, Zeina Al Masry, Jian Ma, Christine Devalland, L.H
Mouss and Noureddine Zerhouni
- Abstract要約: Ki-67の増殖指数は、病理学者が適切な治療法を診断し選択するのに役立つ重要なバイオマーカーである。
本稿では,Ki-67の正確な自動カウントのための統合パイプラインを提案する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 1.4543168464284166
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: The Ki-67 proliferation index is an essential biomarker that helps
pathologists to diagnose and select appropriate treatments. However, automatic
evaluation of Ki-67 is difficult due to nuclei overlapping and complex
variations in their properties. This paper proposes an integrated pipeline for
accurate automatic counting of Ki-67, where the impact of nuclei separation
techniques is highlighted. First, semantic segmentation is performed by
combining the Squeez and Excitation Resnet and Unet algorithms to extract
nuclei from the background. The extracted nuclei are then divided into
overlapped and non-overlapped regions based on eight geometric and statistical
features. A marker-based Watershed algorithm is subsequently proposed and
applied only to the overlapped regions to separate nuclei. Finally, deep
features are extracted from each nucleus patch using Resnet18 and classified
into positive or negative by a random forest classifier. The proposed
pipeline's performance is validated on a dataset from the Department of
Pathology at H\^opital Nord Franche-Comt\'e hospital.
- Abstract(参考訳): Ki-67の増殖指数は、病理学者が適切な治療法を診断し選択するのに役立つ重要なバイオマーカーである。
しかし,ki-67の自動評価は核重なりと複雑な性質変化のため困難である。
本稿では,Ki-67の正確な自動カウントのための集積パイプラインを提案し,核分離技術の影響を強調した。
まず、SqueezとExcitation ResnetとUnetのアルゴリズムを組み合わせてセマンティックセグメンテーションを行い、背景から核を抽出する。
抽出された核は8つの幾何学的特徴と統計的特徴に基づいて重なり合う領域と非重なり合う領域に分けられる。
その後、マーカーベースの流域アルゴリズムが提案され、重なり合う領域のみに適用して核を分離する。
最後に、Resnet18を用いて各核パッチから深い特徴を抽出し、ランダム森林分類器により正または負に分類される。
提案したパイプラインの性能は、H\^opital Nord Franche-Comt\'e病院の病理学部門のデータセットで検証されている。
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