論文の概要: tmVar 3.0: an improved variant concept recognition and normalization tool

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2204.03637v1
• Date: Thu, 7 Apr 2022 17:58:56 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-04-08 14:48:14.046994
• Title: tmVar 3.0: an improved variant concept recognition and normalization tool
• Title（参考訳）: tmVar 3.0: 改良された変種概念認識と正規化ツール
• Authors: Chih-Hsuan Wei, Alexis Allot, Kevin Riehle, Aleksandar Milosavljevic, Zhiyong Lu
• Abstract要約: tmVar3は変種関連物質の幅広いスペクトルを認識することができる。 同じ概念に属する異なる変種を記事にまとめて、精度を向上させることができる。 tmVar3は、変形認識および正規化におけるF測定の90%以上の精度で最先端の性能を示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 62.89168479924267
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Previous studies have shown that automated text-mining tools are becoming increasingly important for successfully unlocking variant information in scientific literature at large scale. Despite multiple attempts in the past, existing tools are still of limited recognition scope and precision. We propose tmVar 3.0: an improved variant recognition and normalization tool. Compared to its predecessors, tmVar 3.0 is able to recognize a wide spectrum of variant related entities (e.g., allele and copy number variants), and to group different variant mentions belonging to the same concept in an article for improved accuracy. Moreover, tmVar3 provides additional variant normalization options such as allele-specific identifiers from the ClinGen Allele Registry. tmVar3 exhibits a state-of-the-art performance with over 90% accuracy in F-measure in variant recognition and normalization, when evaluated on three independent benchmarking datasets. tmVar3 is freely available for download. We have also processed the entire PubMed and PMC with tmVar3 and released its annotations on our FTP. Availability: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/lu/tmVar3
• Abstract（参考訳）: 従来の研究によると、科学文献の変種情報を大規模に解き放つためには、自動化されたテキストマイニングツールがますます重要になっている。 これまで何度も試みてきたが、既存のツールはまだ認識範囲と精度が限られている。 tmvar 3.0: 改良された変種認識および正規化ツールを提案する。 前者と比較すると、tmVar 3.0は様々な変種関連エンティティ(例えば、アレルとコピー番号の変種)を認識でき、同じ概念に属する異なる変種言及を記事にまとめて精度を向上させることができる。 さらに、tmvar3 は clingen allele registry の allele-specific identifier などの変種正規化オプションを提供している。 tmvar3は3つの独立したベンチマークデータセットで評価すると、変種認識と正規化におけるf-measureの90%以上の精度で最先端のパフォーマンスを示す。 tmVar3は無料でダウンロードできる。 また、PubMedとPMC全体をtmVar3で処理し、FTPでアノテーションをリリースしました。 利用可能:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/lu/tmvar3

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