論文の概要: Multi-modal Protein Knowledge Graph Construction and Applications
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2207.10080v3
- Date: Mon, 14 Nov 2022 16:26:52 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-02-11 13:46:23.992376
- Title: Multi-modal Protein Knowledge Graph Construction and Applications
- Title(参考訳): マルチモーダルタンパク質知識グラフの構築とその応用
- Authors: Siyuan Cheng, Xiaozhuan Liang, Zhen Bi, Huajun Chen, Ningyu Zhang
- Abstract要約: タンパク質科学の知識グラフであるProteinKG65を作成します。
遺伝子オントロジーとUniprotナレッジベースを基盤として、アライメント記述やタンパク質配列を用いて様々な知識を変換する。
タンパク質KG65は主にタンパク質知識グラフを提供し、遺伝子オントロジーの知識をタンパク質の機能と構造予測にもたらす。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 30.500520131560112
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Existing data-centric methods for protein science generally cannot
sufficiently capture and leverage biology knowledge, which may be crucial for
many protein tasks. To facilitate research in this field, we create
ProteinKG65, a knowledge graph for protein science. Using gene ontology and
Uniprot knowledge base as a basis, we transform and integrate various kinds of
knowledge with aligned descriptions and protein sequences, respectively, to GO
terms and protein entities. ProteinKG65 is mainly dedicated to providing a
specialized protein knowledge graph, bringing the knowledge of Gene Ontology to
protein function and structure prediction. We also illustrate the potential
applications of ProteinKG65 with a prototype. Our dataset can be downloaded at
https://w3id.org/proteinkg65.
- Abstract(参考訳): タンパク質科学のための既存のデータ中心の手法は、一般的に生物学の知識を十分に捉えて活用することはできない。
この分野での研究を促進するために,タンパク質科学の知識グラフであるProteinKG65を開発した。
遺伝子オントロジーとユニプロット知識ベースを基礎として、様々な種類の知識をそれぞれgo用語とタンパク質実体に整列した記述とタンパク質配列に変換し統合する。
タンパク質KG65は主にタンパク質知識グラフを提供し、タンパク質の機能と構造予測に遺伝子オントロジーの知識をもたらす。
また,プロテアーゼKG65のプロトタイプへの応用の可能性についても述べる。
データセットはhttps://w3id.org/oproteinkg65でダウンロードできます。
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