論文の概要: SPICE, A Dataset of Drug-like Molecules and Peptides for Training
Machine Learning Potentials
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2209.10702v1
- Date: Wed, 21 Sep 2022 23:02:59 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-09-23 14:54:14.879260
- Title: SPICE, A Dataset of Drug-like Molecules and Peptides for Training
Machine Learning Potentials
- Title（参考訳）: SPICE, 薬物様分子とペプチドのデータセットによる機械学習の可能性の育成
- Authors: Peter Eastman, Pavan Kumar Behara, David L. Dotson, Raimondas
Galvelis, John E. Herr, Josh T. Horton, Yuezhi Mao, John D. Chodera, Benjamin
P. Pritchard, Yuanqing Wang, Gianni De Fabritiis, Thomas E. Markland
- Abstract要約: SPICEデータセットは、タンパク質と相互作用する薬物のような小さな分子のシミュレーションに関連するポテンシャルをトレーニングするための新しい量子化学データセットである。
この構造は、小さな分子、二量体、ジペプチド、および溶存アミノ酸の様々な集合に対する1100万以上のコンフォメーションを含んでいる。
15個の元素、荷電および非荷電分子、および幅広い共有結合および非共有結合相互作用を含む。
機械学習のポテンシャルのセットをトレーニングし、化学空間の広い領域にわたって化学的精度を達成できることを実証する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.7044177326714558
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Machine learning potentials are an important tool for molecular simulation,
but their development is held back by a shortage of high quality datasets to
train them on. We describe the SPICE dataset, a new quantum chemistry dataset
for training potentials relevant to simulating drug-like small molecules
interacting with proteins. It contains over 1.1 million conformations for a
diverse set of small molecules, dimers, dipeptides, and solvated amino acids.
It includes 15 elements, charged and uncharged molecules, and a wide range of
covalent and non-covalent interactions. It provides both forces and energies
calculated at the {\omega}B97M-D3(BJ)/def2-TZVPPD level of theory, along with
other useful quantities such as multipole moments and bond orders. We train a
set of machine learning potentials on it and demonstrate that they can achieve
chemical accuracy across a broad region of chemical space. It can serve as a
valuable resource for the creation of transferable, ready to use potential
functions for use in molecular simulations.
- Abstract（参考訳）: 機械学習のポテンシャルは分子シミュレーションの重要なツールであるが、それらの開発はそれらを訓練するための高品質なデータセットが不足していることに支えられている。
SPICEデータセットは、タンパク質と相互作用する薬物のような小さな分子のシミュレーションに関連するポテンシャルをトレーニングするための新しい量子化学データセットである。
それは、様々な小さな分子、二量体、ジペプチド、溶解アミノ酸の1.1百万以上のコンフォメーションを含んでいる。
15個の元素、荷電および非荷電分子、および幅広い共有結合および非共有結合相互作用を含む。
B97M-D3(BJ)/def2-TZVPPD理論で計算された力とエネルギー、および多重極モーメントやボンドオーダーなどの有用な量を提供する。
機械学習のポテンシャルのセットをトレーニングし、化学空間の広い領域にわたって化学的精度を達成できることを実証する。
トランスファー可能(transportable)を作成するための貴重な資源となり、分子シミュレーションで使用するために潜在的な機能を利用する準備ができている。
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