論文の概要: Generative Antibody Design for Complementary Chain Pairing Sequences through Encoder-Decoder Language Model

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2301.02748v4
• Date: Mon, 20 Nov 2023 19:45:49 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-11-23 05:56:00.845808
• Title: Generative Antibody Design for Complementary Chain Pairing Sequences through Encoder-Decoder Language Model
• Title（参考訳）: エンコーダ・デコーダ言語モデルによる相補的連鎖ペアリング配列の生成
• Authors: Simon K.S. Chu, Kathy Y. Wei
• Abstract要約: ペア化パートナーから補体重鎖や軽鎖を生成するエンコーダデコーダモデルであるペア化T5(pAbT5)を提案する。 本研究は,pAbT5の誘導抗体設計における可能性を示し,鎖の組合わせによる生物学的制約を取り入れた。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: Current protein language models (pLMs) predominantly focus on single-chain protein sequences and often have not accounted for constraints on generative design imposed by protein-protein interactions. To address this gap, we present paired Antibody T5 (pAbT5), an encoder-decoder model to generate complementary heavy or light chain from its pairing partner. We show that our model respects conservation in framework regions and variability in hypervariable domains, demonstrated by agreement with sequence alignment and variable-length CDR loops. We also show that our model captures chain pairing preferences through the recovery of ground-truth chain type and gene families. Our results showcase the potential of pAbT5 in generative antibody design, incorporating biological constraints from chain pairing preferences.
• Abstract（参考訳）: 現在のタンパク質言語モデル(plm)は、主に単鎖タンパク質配列に焦点を当てており、しばしばタンパク質とタンパク質の相互作用によって課される生成的設計の制約を考慮していない。 このギャップに対処するため、ペアリングパートナーから補体重鎖や軽鎖を生成するエンコーダデコーダモデルであるAntibody T5(pAbT5)を提案する。 本モデルでは,可変長cdrループと配列アライメントの一致により,フレームワーク領域の保存と超変数領域の可変性を尊重することを示す。 また,本モデルでは,接地連鎖型および遺伝子ファミリーの回復を通じて連鎖ペアリングの嗜好を捉える。 本研究は,pAbT5の誘導抗体設計における可能性を示し,鎖の組合わせによる生物学的制約を取り入れた。

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