論文の概要: Bridging the Gap between Chemical Reaction Pretraining and Conditional Molecule Generation with a Unified Model

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2303.06965v3
• Date: Thu, 24 Aug 2023 08:33:05 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-08-25 18:23:02.310673
• Title: Bridging the Gap between Chemical Reaction Pretraining and Conditional Molecule Generation with a Unified Model
• Title（参考訳）: 統一モデルによる化学反応前訓練と条件分子生成のギャップの橋渡し
• Authors: Bo Qiang, Yiran Zhou, Yuheng Ding, Ningfeng Liu, Song Song, Liangren Zhang, Bo Huang, Zhenming Liu
• Abstract要約: 反応表現学習と分子生成の両課題に対処する統合フレームワークを提案する。 有機化学機構にインスパイアされた我々は,モデルに誘導バイアスを組み込むことのできる,新しい事前学習フレームワークを開発した。 我々のフレームワークは、ダウンストリームタスクに挑戦する上で、最先端の結果を達成する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.3031562864527664
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Chemical reactions are the fundamental building blocks of drug design and organic chemistry research. In recent years, there has been a growing need for a large-scale deep-learning framework that can efficiently capture the basic rules of chemical reactions. In this paper, we have proposed a unified framework that addresses both the reaction representation learning and molecule generation tasks, which allows for a more holistic approach. Inspired by the organic chemistry mechanism, we develop a novel pretraining framework that enables us to incorporate inductive biases into the model. Our framework achieves state-of-the-art results on challenging downstream tasks. By possessing chemical knowledge, our generative framework overcome the limitations of current molecule generation models that rely on a small number of reaction templates. In the extensive experiments, our model generates synthesizable drug-like structures of high quality. Overall, our work presents a significant step toward a large-scale deep-learning framework for a variety of reaction-based applications.
• Abstract（参考訳）: 化学反応は薬物設計と有機化学研究の基本的な構成要素である。 近年,化学反応の基本ルールを効率的に把握できる大規模ディープラーニングフレームワークの必要性が高まっている。 本稿では,反応表現学習と分子生成タスクの両方に対処し,より総合的なアプローチを可能にする統一的な枠組みを提案する。 有機化学機構にインスパイアされた我々は,モデルに誘導バイアスを組み込むことのできる,新しい事前学習フレームワークを開発した。 我々のフレームワークは、下流タスクに挑戦する最先端の成果を達成する。 化学知識を持つことによって、我々の生成枠組みは、少数の反応テンプレートに依存する現在の分子生成モデルの制限を克服した。 広範な実験において,本モデルは高品質の合成可能な薬物様構造を生成する。 全体として、我々の研究は、さまざまな反応ベースのアプリケーションのための大規模なディープラーニングフレームワークに向けて大きな一歩を踏み出した。

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