論文の概要: Solvent: A Framework for Protein Folding

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2307.04603v5
• Date: Mon, 31 Jul 2023 05:29:16 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-08-01 20:23:33.505545
• Title: Solvent: A Framework for Protein Folding
• Title（参考訳）: Solvent: タンパク質のフォールディングのためのフレームワーク
• Authors: Jaemyung Lee, Kyeongtak Han, Jaehoon Kim, Hasun Yu, Youhan Lee
• Abstract要約: AlphaFold2の後、タンパク質の折り畳みタスクは新しい段階に入り、AlphaFold2の構成要素に基づいて多くの方法が提案されている。 タンパク質の折り畳みにおける統一された研究フレームワークの重要性は、様々なアプローチを一貫して、公平に比較するための実装とベンチマークを含んでいる。 本稿では,タンパク質の折りたたみ構造である溶剤について述べる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.39373541926236766
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Consistency and reliability are crucial for conducting AI research. Many famous research fields, such as object detection, have been compared and validated with solid benchmark frameworks. After AlphaFold2, the protein folding task has entered a new phase, and many methods are proposed based on the component of AlphaFold2. The importance of a unified research framework in protein folding contains implementations and benchmarks to consistently and fairly compare various approaches. To achieve this, we present Solvent, a protein folding framework that supports significant components of state-of-the-art models in the manner of an off-the-shelf interface Solvent contains different models implemented in a unified codebase and supports training and evaluation for defined models on the same dataset. We benchmark well-known algorithms and their components and provide experiments that give helpful insights into the protein structure modeling field. We hope that Solvent will increase the reliability and consistency of proposed models and give efficiency in both speed and costs, resulting in acceleration on protein folding modeling research. The code is available at https://github.com/kakaobrain/solvent, and the project will continue to be developed.
• Abstract（参考訳）: ai研究を行うには一貫性と信頼性が不可欠である。 オブジェクト検出のような多くの有名な研究分野は、堅固なベンチマークフレームワークで比較、検証されている。 AlphaFold2の後、タンパク質の折り畳みタスクは新しい段階に入り、AlphaFold2の構成要素に基づいて多くの方法が提案されている。 タンパク質折り畳みにおける統一的な研究フレームワークの重要性は、様々なアプローチを一貫して比較するための実装とベンチマークを含んでいる。 これを実現するために、Solventは、既製のインターフェイスのように最先端モデルの重要なコンポーネントをサポートするタンパク質折り畳みフレームワークである。Solventは、統一コードベースに実装された異なるモデルを含み、同じデータセット上で定義されたモデルのトレーニングと評価をサポートする。 我々は、よく知られたアルゴリズムとそのコンポーネントをベンチマークし、タンパク質構造モデリング分野に関する有益な洞察を与える実験を提供する。 我々はSolventが提案したモデルの信頼性と一貫性を高め、速度とコストの両面で効率を向上し、タンパク質の折り畳みモデル研究の加速を期待する。 コードはhttps://github.com/kakaobrain/solventで入手できる。

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