論文の概要: Molecular Conformation Generation via Shifting Scores

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2309.09985v1
• Date: Tue, 12 Sep 2023 07:39:43 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-09-24 03:52:20.589164
• Title: Molecular Conformation Generation via Shifting Scores
• Title（参考訳）: シフトスコアによる分子コンフォメーション生成
• Authors: Zihan Zhou, Ruiying Liu, Chaolong Ying, Ruimao Zhang and Tianshu Yu
• Abstract要約: 本稿では,分子の崩壊を,分子を構成する原子に増大する力場を鋳造すると見なすことのできる新しい分子コンホメーション生成手法を提案する。 対応する生成モデリングは、実現可能な原子間距離幾何学を保証し、時間可逆性を示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 21.986775283620883
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Molecular conformation generation, a critical aspect of computational chemistry, involves producing the three-dimensional conformer geometry for a given molecule. Generating molecular conformation via diffusion requires learning to reverse a noising process. Diffusion on inter-atomic distances instead of conformation preserves SE(3)-equivalence and shows superior performance compared to alternative techniques, whereas related generative modelings are predominantly based upon heuristical assumptions. In response to this, we propose a novel molecular conformation generation approach driven by the observation that the disintegration of a molecule can be viewed as casting increasing force fields to its composing atoms, such that the distribution of the change of inter-atomic distance shifts from Gaussian to Maxwell-Boltzmann distribution. The corresponding generative modeling ensures a feasible inter-atomic distance geometry and exhibits time reversibility. Experimental results on molecular datasets demonstrate the advantages of the proposed shifting distribution compared to the state-of-the-art.
• Abstract（参考訳）: 分子コンフォメーション生成は、計算化学の重要な側面であり、与えられた分子に対して三次元コンフォメーション幾何学を生成する。 拡散による分子コンフォメーションの生成は、ノージングプロセスを逆転する学習を必要とする。 コンフォーメーションの代わりに原子間距離の拡散はSE(3)等価性を保ち、他の手法よりも優れた性能を示すが、関連する生成モデルは主にヒューリスティックな仮定に基づいている。 これに対応するために,分子の崩壊は,原子間距離の変化の分布がガウス分布からマクスウェル・ボルツマン分布に変化するような,分子の分解が増大する力場をその合成原子にキャストすることと見なすことのできる,新たな分子コンフォメーション生成アプローチを提案する。 対応する生成モデリングは、実現可能な原子間距離幾何学を保証し、時間可逆性を示す。 分子データセットによる実験結果から, 提案したシフト分布の利点を最先端技術と比較した。

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