論文の概要: Quantifying intra-tumoral genetic heterogeneity of glioblastoma toward precision medicine using MRI and a data-inclusive machine learning algorithm

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2401.00128v1
• Date: Sat, 30 Dec 2023 03:28:51 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-01-03 18:39:31.893338
• Title: Quantifying intra-tumoral genetic heterogeneity of glioblastoma toward precision medicine using MRI and a data-inclusive machine learning algorithm
• Title（参考訳）: mriと機械学習アルゴリズムを用いたグリオブラスト腫の腫瘍内遺伝子多様性の定量化
• Authors: Lujia Wang, Hairong Wang, Fulvio D'Angelo, Lee Curtin, Christopher P. Sereduk, Gustavo De Leon, Kyle W. Singleton, Javier Urcuyo, Andrea Hawkins-Daarud, Pamela R. Jackson, Chandan Krishna, Richard S. Zimmerman, Devi P. Patra, Bernard R. Bendok, Kris A. Smith, Peter Nakaji, Kliment Donev, Leslie C. Baxter, Maciej M. Mruga{\l}a, Michele Ceccarelli, Antonio Iavarone, Kristin R. Swanson, Nhan L. Tran, Leland S. Hu, Jing Li
• Abstract要約: Glioblastoma (GBM) は最も攻撃的で致命的なヒト癌の一つである。 バイオプシーは侵襲的であり、非侵襲的なMRIベースの機械学習(ML)モデルの開発を動機付けている。 我々は,MRIを用いて各GBM腫瘍の局所的遺伝的変化を予測するための新しいWeakly Supervised Ordinal Support Vector Machine (WSO-SVM)を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.2507684591996036
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Glioblastoma (GBM) is one of the most aggressive and lethal human cancers. Intra-tumoral genetic heterogeneity poses a significant challenge for treatment. Biopsy is invasive, which motivates the development of non-invasive, MRI-based machine learning (ML) models to quantify intra-tumoral genetic heterogeneity for each patient. This capability holds great promise for enabling better therapeutic selection to improve patient outcomes. We proposed a novel Weakly Supervised Ordinal Support Vector Machine (WSO-SVM) to predict regional genetic alteration status within each GBM tumor using MRI. WSO-SVM was applied to a unique dataset of 318 image-localized biopsies with spatially matched multiparametric MRI from 74 GBM patients. The model was trained to predict the regional genetic alteration of three GBM driver genes (EGFR, PDGFRA, and PTEN) based on features extracted from the corresponding region of five MRI contrast images. For comparison, a variety of existing ML algorithms were also applied. The classification accuracy of each gene was compared between the different algorithms. The SHapley Additive exPlanations (SHAP) method was further applied to compute contribution scores of different contrast images. Finally, the trained WSO-SVM was used to generate prediction maps within the tumoral area of each patient to help visualize the intra-tumoral genetic heterogeneity. This study demonstrated the feasibility of using MRI and WSO-SVM to enable non-invasive prediction of intra-tumoral regional genetic alteration for each GBM patient, which can inform future adaptive therapies for individualized oncology.
• Abstract（参考訳）: Glioblastoma (GBM) は最も攻撃的で致命的なヒト癌の一つである。 腫瘍内遺伝子多様性は治療にとって大きな課題となる。 バイオプシーは侵襲的であり、MRIに基づく非侵襲的機械学習(ML)モデルの開発を動機付け、各患者に対する腫瘍内遺伝的不均一性を定量化する。 この能力は、より良い治療選択が患者の結果を改善できるという大きな約束を持っている。 我々は,MRIを用いて各GBM腫瘍の局所的遺伝的変化を予測するための新しいWeakly Supervised Ordinal Support Vector Machine (WSO-SVM)を提案する。 WSO-SVM は,74GBM 患者の空間的に一致した多パラメータMRI を用いた318 画像局所化生検のユニークなデータセットに適用した。 5つのMRIコントラスト画像の対応する領域から抽出された特徴に基づいて、3つのGBMドライバ遺伝子(EGFR、PDGFRA、PTEN)の局所的な遺伝的変化を予測するために訓練された。 比較のために、既存のMLアルゴリズムも適用された。 各遺伝子の分類精度を異なるアルゴリズム間で比較した。 さらに、異なるコントラスト画像のコントリビューションスコアを計算するために、SHAP法(SHapley Additive ExPlanations)が適用された。 最後に、訓練されたWSO-SVMを使用して、各患者の腫瘍領域内で予測マップを生成し、腫瘍内遺伝的不均一性を可視化した。 本研究はMRIとWSO-SVMを用いて腫瘍内局所遺伝子変異の非侵襲的予測を可能にすることの実現可能性を示した。

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