論文の概要: Improved motif-scaffolding with SE(3) flow matching
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2401.04082v1
- Date: Mon, 8 Jan 2024 18:38:00 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-01-09 13:54:40.279760
- Title: Improved motif-scaffolding with SE(3) flow matching
- Title(参考訳): se(3)フローマッチングによるモチーフカフォールディングの改善
- Authors: Jason Yim, Andrew Campbell, Emile Mathieu, Andrew Y. K. Foong, Michael
Gastegger, Jos\'e Jim\'enez-Luna, Sarah Lewis, Victor Garcia Satorras,
Bastiaan S. Veeling, Frank No\'e, Regina Barzilay, Tommi S. Jaakkola
- Abstract要約: 生成モデルは、様々なモチーフのために足場を設計することで、画期的な成功を収めました。
タンパク質のバックボーン生成のためのSE(3)フローマッチングモデルであるFrameFlowを拡張し,2つの相補的なアプローチでモチーフ・スキャフォールディングを行う。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 54.82832841074558
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Protein design often begins with knowledge of a desired function from a motif
which motif-scaffolding aims to construct a functional protein around.
Recently, generative models have achieved breakthrough success in designing
scaffolds for a diverse range of motifs. However, the generated scaffolds tend
to lack structural diversity, which can hinder success in wet-lab validation.
In this work, we extend FrameFlow, an SE(3) flow matching model for protein
backbone generation, to perform motif-scaffolding with two complementary
approaches. The first is motif amortization, in which FrameFlow is trained with
the motif as input using a data augmentation strategy. The second is motif
guidance, which performs scaffolding using an estimate of the conditional score
from FrameFlow, and requires no additional training. Both approaches achieve an
equivalent or higher success rate than previous state-of-the-art methods, with
2.5 times more structurally diverse scaffolds. Code: https://github.com/
microsoft/frame-flow.
- Abstract(参考訳): タンパク質の設計は、しばしばモチーフから所望の機能の知識から始まり、モチーフ・スキャフォールディングは機能タンパク質を周囲に構築することを目的としている。
近年,多種多様なモチーフの足場設計において,生成モデルが画期的な成功を収めている。
しかし、生成された足場は構造的な多様性を欠く傾向にあり、ウェットラブ検証の成功を妨げる。
本研究では,タンパク質骨格生成のためのse(3)フローマッチングモデルであるframeflowを拡張し,相補的アプローチを用いてモチーフスキャフォールディングを行う。
1つ目はモチーフ・アモーティゼーションで、FrameFlowはデータ拡張戦略を使用して入力としてモチーフでトレーニングされる。
2つ目はモチーフガイダンスで、FrameFlowから条件スコアを推定してスキャフォールディングを実行し、追加のトレーニングを必要としない。
どちらのアプローチも、従来の最先端手法と同等あるいは高い成功率を達成し、構造的に多様な足場を持つ。
コード: https://github.com/ microsoft/frame-flow。
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