論文の概要: Prediction of Cellular Identities from Trajectory and Cell Fate Information

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2401.06182v2
• Date: Sat, 2 Mar 2024 17:59:41 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-03-05 20:05:43.957449
• Title: Prediction of Cellular Identities from Trajectory and Cell Fate Information
• Title（参考訳）: 軌道情報と運命情報による細胞識別の予測
• Authors: Baiyang Dai, Jiamin Yang, Hari Shroff, Patrick La Riviere
• Abstract要約: 本稿では,機械学習を用いた早期のtextitC. elegansgenesisにおける細胞識別の革新的アプローチを提案する。 ランダムな森林, 胚, LSTMモデルを用いて, 最初の4時間にわたる3次元タイムラプスデータセットの細胞分類精度を検証した。 本研究は, 簡単な時空間的特徴から, タイムラプス画像における細胞アイデンティティの予測に成功したことを示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.40964539027092917
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Determining cell identities in imaging sequences is an important yet challenging task. The conventional method for cell identification is via cell tracking, which is complex and can be time-consuming. In this study, we propose an innovative approach to cell identification during early $\textit{C. elegans}$ embryogenesis using machine learning. Cell identification during $\textit{C. elegans}$ embryogenesis would provide insights into neural development with implications for higher organisms including humans. We employed random forest, MLP, and LSTM models, and tested cell classification accuracy on 3D time-lapse confocal datasets spanning the first 4 hours of embryogenesis. By leveraging a small number of spatial-temporal features of individual cells, including cell trajectory and cell fate information, our models achieve an accuracy of over 91%, even with limited data. We also determine the most important feature contributions and can interpret these features in the context of biological knowledge. Our research demonstrates the success of predicting cell identities in time-lapse imaging sequences directly from simple spatio-temporal features.
• Abstract（参考訳）: 画像配列における細胞同定は重要な課題である。 従来の細胞同定法は、複雑で時間を要する細胞追跡法である。 本研究では,早期の$\textit{C。 エレガンス=機械学習を用いた胚発生 $\textit{C} 中のセルの識別。 エレガンス=胚発生は、ヒトを含む高等生物に影響を及ぼす神経発達に関する洞察を与える。 まず, ランダム森林, MLP, LSTMモデルを用い, 最初の4時間にわたる3次元時間ラプス共焦点データセットの細胞分類精度を調べた。 細胞軌跡や細胞運命情報など,個々の細胞の空間的・時間的特徴を少数活用することで,限られたデータでも91%以上の精度が得られる。 また、最も重要な特徴の貢献を判断し、生物学的知識の文脈でこれらの特徴を解釈することができる。 本研究は,単純時空間的特徴から直接時間経過画像のセルアイデンティティを予測できることを実証する。

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