論文の概要: Zero-Shot Clinical Trial Patient Matching with LLMs
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2402.05125v3
- Date: Wed, 10 Apr 2024 05:37:26 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-04-11 11:44:40.230881
- Title: Zero-Shot Clinical Trial Patient Matching with LLMs
- Title(参考訳): LLMを併用したゼロショット臨床試験
- Authors: Michael Wornow, Alejandro Lozano, Dev Dash, Jenelle Jindal, Kenneth W. Mahaffey, Nigam H. Shah,
- Abstract要約: 大規模言語モデル(LLM)は、自動スクリーニングの有望なソリューションを提供する。
我々は,患者の診療歴を非構造的臨床テキストとして考慮し,その患者が包括的基準を満たしているかどうかを評価するLCMベースのシステムを構築した。
提案システムは,n2c2 2018コホート選択ベンチマークにおいて,最先端のスコアを達成している。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 40.31971412825736
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Matching patients to clinical trials is a key unsolved challenge in bringing new drugs to market. Today, identifying patients who meet a trial's eligibility criteria is highly manual, taking up to 1 hour per patient. Automated screening is challenging, however, as it requires understanding unstructured clinical text. Large language models (LLMs) offer a promising solution. In this work, we explore their application to trial matching. First, we design an LLM-based system which, given a patient's medical history as unstructured clinical text, evaluates whether that patient meets a set of inclusion criteria (also specified as free text). Our zero-shot system achieves state-of-the-art scores on the n2c2 2018 cohort selection benchmark. Second, we improve the data and cost efficiency of our method by identifying a prompting strategy which matches patients an order of magnitude faster and more cheaply than the status quo, and develop a two-stage retrieval pipeline that reduces the number of tokens processed by up to a third while retaining high performance. Third, we evaluate the interpretability of our system by having clinicians evaluate the natural language justifications generated by the LLM for each eligibility decision, and show that it can output coherent explanations for 97% of its correct decisions and 75% of its incorrect ones. Our results establish the feasibility of using LLMs to accelerate clinical trial operations.
- Abstract(参考訳): 患者を臨床試験に合わせることは、新しい薬を市場に出す上で、未解決の課題だ。
今日では、臨床試験の適格基準を満たす患者を特定することは非常に手作業であり、患者1人につき最大1時間かかる。
しかし、構造化されていない臨床テキストを理解する必要があるため、自動スクリーニングは難しい。
大規模言語モデル(LLM)は有望なソリューションを提供する。
本研究では,その試行錯誤への応用について検討する。
まず,患者の病歴を構造化されていない臨床テキストとして考慮し,その患者が包括的基準(フリーテキストとしても指定されている)を満たしているかどうかを評価する。
我々のゼロショットシステムは、n2c2 2018コホート選択ベンチマークで最先端のスコアを達成します。
第2に,本手法のデータとコスト効率を,患者に比較して,より高速かつ安価に整合するプロンプト戦略を同定し,高い性能を維持しつつ,最大3分の1のトークン処理量を削減できる2段階の検索パイプラインを開発した。
第3に, 臨床医にLLMが生成した自然言語の正当性を評価し, 正しい判断の97%, 正しくない判断の75%のコヒーレントな説明を出力できることを示す。
本研究は,臨床治験を加速するためのLSMの有用性を実証するものである。
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