論文の概要: Dual-Space Optimization: Improved Molecule Sequence Design by Latent Prompt Transformer

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2402.17179v1
• Date: Tue, 27 Feb 2024 03:33:23 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-02-28 17:51:13.905673
• Title: Dual-Space Optimization: Improved Molecule Sequence Design by Latent Prompt Transformer
• Title（参考訳）: デュアルスペース最適化:潜在プロンプトトランスフォーマーによる分子配列設計の改善
• Authors: Deqian Kong, Yuhao Huang, Jianwen Xie, Edouardo Honig, Ming Xu, Shuanghong Xue, Pei Lin, Sanping Zhou, Sheng Zhong, Nanning Zheng, Ying Nian Wu
• Abstract要約: 本稿では,遅延空間サンプリングとデータ空間選択を統合したDual-Space Optimization (DSO)法を提案する。 DSOは、生成モデルと合成データを所望のプロパティ値の領域にシフトさせる最適化プロセスにおいて、潜在空間生成モデルと合成データセットを反復的に更新する。 提案手法の有効性を実証し, 単一目的, 多目的, 制約された分子設計タスクにまたがる新しい性能ベンチマークを設定した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 78.47949363282868
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Designing molecules with desirable properties, such as drug-likeliness and high binding affinities towards protein targets, is a challenging problem. In this paper, we propose the Dual-Space Optimization (DSO) method that integrates latent space sampling and data space selection to solve this problem. DSO iteratively updates a latent space generative model and a synthetic dataset in an optimization process that gradually shifts the generative model and the synthetic data towards regions of desired property values. Our generative model takes the form of a Latent Prompt Transformer (LPT) where the latent vector serves as the prompt of a causal transformer. Our extensive experiments demonstrate effectiveness of the proposed method, which sets new performance benchmarks across single-objective, multi-objective and constrained molecule design tasks.
• Abstract（参考訳）: 薬物類似性やタンパク質標的に対する高い結合親和性などの望ましい性質を持つ分子を設計することは難しい問題である。 本稿では,この問題を解決するために,潜在空間サンプリングとデータ空間選択を統合したデュアルスペース最適化(dso)手法を提案する。 DSOは、生成モデルと合成データを所望のプロパティ値の領域へ徐々にシフトさせる最適化プロセスにおいて、潜在空間生成モデルと合成データセットを反復的に更新する。 我々の生成モデルは、潜在ベクトルが因果変換器のプロンプトとして機能する潜在プロンプト変換器(LPT)の形をとる。 提案手法の有効性を実証し, 単一目的, 多目的, 制約された分子設計タスクにまたがって, 新たな性能ベンチマークを設定する。

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