論文の概要: Cell Tracking in C. elegans with Cell Position Heatmap-Based Alignment and Pairwise Detection

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2403.13412v1
• Date: Wed, 20 Mar 2024 08:53:56 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-03-21 17:28:32.135728
• Title: Cell Tracking in C. elegans with Cell Position Heatmap-Based Alignment and Pairwise Detection
• Title（参考訳）: 細胞位置熱マップに基づくアライメントとペアワイズ検出による線虫C. elegansの細胞追跡
• Authors: Kaito Shiku, Hiromitsu Shirai, Takeshi Ishihara, Ryoma Bise,
• Abstract要約: 生体内の3D細胞追跡は、生きた細胞画像解析において重要な役割を担っている。 細胞検出は、触覚細胞と低コントラスト画像によって連続したフレームに矛盾することが多い。 本稿では,これらの問題に対処する細胞追跡手法を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.3998740964877463
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: 3D cell tracking in a living organism has a crucial role in live cell image analysis. Cell tracking in C. elegans has two difficulties. First, cell migration in a consecutive frame is large since they move their head during scanning. Second, cell detection is often inconsistent in consecutive frames due to touching cells and low-contrast images, and these inconsistent detections affect the tracking performance worse. In this paper, we propose a cell tracking method to address these issues, which has two main contributions. First, we introduce cell position heatmap-based non-rigid alignment with test-time fine-tuning, which can warp the detected points to near the positions at the next frame. Second, we propose a pairwise detection method, which uses the information of detection results at the previous frame for detecting cells at the current frame. The experimental results demonstrate the effectiveness of each module, and the proposed method achieved the best performance in comparison.
• Abstract（参考訳）: 生体内の3D細胞追跡は、生きた細胞画像解析において重要な役割を担っている。 線虫C. elegansの細胞追跡には2つの困難がある。 まず、連続するフレーム内の細胞移動は、スキャン中に頭を動かすので大きい。 第2に、タッチセルや低コントラスト画像による連続したフレーム内でのセル検出の不整合がよくあり、これらの不整合検出がトラッキング性能に悪影響を及ぼす。 本稿では,これらの問題に対処する細胞追跡手法を提案する。 まず, セル位置の熱マップに基づく非剛性アライメントとテスト時間細調整を導入し, 検出した点を次のフレームの位置付近にワープする。 次に、前フレームにおける検出結果の情報を用いて、現在のフレームにおけるセルを検出するペアワイズ検出手法を提案する。 実験の結果,各モジュールの有効性が示され,提案手法は比較して最高の性能を示した。

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