論文の概要: BMRetriever: Tuning Large Language Models as Better Biomedical Text Retrievers
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2404.18443v2
- Date: Fri, 04 Oct 2024 03:25:34 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2024-10-07 15:07:48.811635
- Title: BMRetriever: Tuning Large Language Models as Better Biomedical Text Retrievers
- Title(参考訳): BMRetriever: バイオメディカルテキストレトリバーとして大規模言語モデルをチューニング
- Authors: Ran Xu, Wenqi Shi, Yue Yu, Yuchen Zhuang, Yanqiao Zhu, May D. Wang, Joyce C. Ho, Chao Zhang, Carl Yang,
- Abstract要約: BMRetrieverは、バイオメディカル検索を強化するための一連の密集したレトリバーである。
BMRetrieverは強力なパラメータ効率を示し、410Mの派生型はベースラインを最大11.7倍まで上回っている。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 48.21255861863282
- License:
- Abstract: Developing effective biomedical retrieval models is important for excelling at knowledge-intensive biomedical tasks but still challenging due to the deficiency of sufficient publicly annotated biomedical data and computational resources. We present BMRetriever, a series of dense retrievers for enhancing biomedical retrieval via unsupervised pre-training on large biomedical corpora, followed by instruction fine-tuning on a combination of labeled datasets and synthetic pairs. Experiments on 5 biomedical tasks across 11 datasets verify BMRetriever's efficacy on various biomedical applications. BMRetriever also exhibits strong parameter efficiency, with the 410M variant outperforming baselines up to 11.7 times larger, and the 2B variant matching the performance of models with over 5B parameters. The training data and model checkpoints are released at \url{https://huggingface.co/BMRetriever} to ensure transparency, reproducibility, and application to new domains.
- Abstract(参考訳): 効果的なバイオメディカル検索モデルの開発は、知識集約型バイオメディカルタスクにおいて優れているが、十分な注釈付きバイオメディカルデータや計算資源が不足しているため、依然として困難である。
本稿では,大規模バイオメディカルコーパスの教師なし事前学習とラベル付きデータセットと合成ペアの組み合わせによる教示微調整により,バイオメディカル検索の強化を図ったBMRetrieverについて紹介する。
11のデータセットにわたる5つのバイオメディカルタスクの実験は、BMRetrieverの様々なバイオメディカル応用に対する有効性を検証する。
BMRetrieverは強力なパラメータ効率を示し、410Mの派生型はベースラインを最大11.7倍に上回り、2Bの派生型は5B以上のパラメータを持つモデルの性能と一致する。
トレーニングデータとモデルチェックポイントは \url{https://huggingface.co/BMRetriever} でリリースされ、透明性、再現性、新しいドメインへの応用を保証する。
関連論文リスト
- Augmenting Biomedical Named Entity Recognition with General-domain Resources [47.24727904076347]
ニューラルネットワークに基づくバイオメディカル名前付きエンティティ認識(BioNER)モデルのトレーニングは通常、広範囲でコストのかかる人的アノテーションを必要とする。
GERBERAは、一般ドメインのNERデータセットをトレーニングに利用した、単純なyet効率の手法である。
我々は,81,410インスタンスからなる8つのエンティティタイプの5つのデータセットに対して,GERBERAを体系的に評価した。
論文 参考訳(メタデータ) (2024-06-15T15:28:02Z) - BioMedLM: A 2.7B Parameter Language Model Trained On Biomedical Text [82.7001841679981]
BioMedLM は270億のパラメータ GPT スタイルの自己回帰モデルであり、PubMed の抽象概念と全記事に特化して訓練されている。
微調整すると、BioMedLMはより大規模なモデルと競合する強力な多重選択のバイオメディカルな質問応答結果を生成することができる。
BioMedLMは、医療トピックに関する患者の質問に対する有用な回答を生成するために、微調整することもできる。
論文 参考訳(メタデータ) (2024-03-27T10:18:21Z) - MedCPT: Contrastive Pre-trained Transformers with Large-scale PubMed
Search Logs for Zero-shot Biomedical Information Retrieval [5.330363334603656]
バイオメディシンにおけるゼロショットセマンティックIRのためのコントラスト事前訓練トランスフォーマモデルであるMedCPTを紹介する。
MedCPTのトレーニングには、PubMedから2億5500万のユーザクリックログを収集しました。
MedCPTは6つのバイオメディカルIRタスクに対して,最先端の性能を新たに設定する。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-07-02T15:11:59Z) - BiomedGPT: A Generalist Vision-Language Foundation Model for Diverse Biomedical Tasks [68.39821375903591]
汎用AIは、さまざまなデータ型を解釈する汎用性のために、制限に対処する可能性を秘めている。
本稿では,最初のオープンソースかつ軽量な視覚言語基盤モデルであるBiomedGPTを提案する。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-05-26T17:14:43Z) - BiomedCLIP: a multimodal biomedical foundation model pretrained from
fifteen million scientific image-text pairs [48.376109878173956]
PMC-15Mは,既存のバイオメディカル・マルチモーダル・データセットよりも2桁大きい新しいデータセットである。
PMC-15Mは440万の科学論文から収集された1500万のバイオメディカル画像テキスト対を含んでいる。
PMC-15Mに基づいて,生物医学的視覚言語処理に適したドメイン固有適応を備えた多モーダル基礎モデルであるBiomedCLIPを事前訓練した。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-03-02T02:20:04Z) - BioGPT: Generative Pre-trained Transformer for Biomedical Text
Generation and Mining [140.61707108174247]
本稿では,大規模生物医学文献に基づいて事前学習したドメイン固有生成型トランスフォーマー言語モデルであるBioGPTを提案する。
BC5CDRでは44.98%、38.42%、40.76%のF1スコア、KD-DTIとDDIの関係抽出タスクでは78.2%、PubMedQAでは78.2%の精度が得られた。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-10-19T07:17:39Z) - BigBIO: A Framework for Data-Centric Biomedical Natural Language
Processing [13.30221348538759]
バイオメディカルNLPデータセット126以上のコミュニティライブラリであるBigBIOを紹介する。
BigBIOは、データセットとそのメタデータへのプログラムアクセスを通じて、再現可能なメタデータキュレーションを容易にする。
本稿では,タスクスキーマ,データ監査,コントリビューションガイドライン,および2つの実証的ユースケースの概要について論じる。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-06-30T07:15:45Z) - BioADAPT-MRC: Adversarial Learning-based Domain Adaptation Improves
Biomedical Machine Reading Comprehension Task [4.837365865245979]
本稿では,生物医学機械読解作業のための逆学習に基づくドメイン適応フレームワークを提案する。
BioADAPT-MRCは、一般的なドメインデータセットとバイオメディカルドメインデータセットの間の限界分布の相違に対処するニューラルネットワークベースの手法である。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-02-26T16:14:27Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト(すべての情報・翻訳含む)の品質を保証せず、本サイト(すべての情報・翻訳含む)を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。