論文の概要: A self-supervised text-vision framework for automated brain abnormality detection
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.02782v1
- Date: Sun, 5 May 2024 01:51:58 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-05-07 18:20:16.785154
- Title: A self-supervised text-vision framework for automated brain abnormality detection
- Title(参考訳): 自動脳異常検出のための自己教師型テキストビジョンフレームワーク
- Authors: David A. Wood, Emily Guilhem, Sina Kafiabadi, Ayisha Al Busaidi, Kishan Dissanayake, Ahmed Hammam, Nina Mansoor, Matthew Townend, Siddharth Agarwal, Yiran Wei, Asif Mazumder, Gareth J. Barker, Peter Sasieni, Sebastien Ourselin, James H. Cole, Thomas C. Booth,
- Abstract要約: 脳MRI画像における臨床的に関連のある異常を検出するためのテキストビジョンフレームワークを提案する。
当フレームワークは,臨床診断支援ツールとしても機能する可能性がある。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 1.1852378060341289
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Artificial neural networks trained on large, expert-labelled datasets are considered state-of-the-art for a range of medical image recognition tasks. However, categorically labelled datasets are time-consuming to generate and constrain classification to a pre-defined, fixed set of classes. For neuroradiological applications in particular, this represents a barrier to clinical adoption. To address these challenges, we present a self-supervised text-vision framework that learns to detect clinically relevant abnormalities in brain MRI scans by directly leveraging the rich information contained in accompanying free-text neuroradiology reports. Our training approach consisted of two-steps. First, a dedicated neuroradiological language model - NeuroBERT - was trained to generate fixed-dimensional vector representations of neuroradiology reports (N = 50,523) via domain-specific self-supervised learning tasks. Next, convolutional neural networks (one per MRI sequence) learnt to map individual brain scans to their corresponding text vector representations by optimising a mean square error loss. Once trained, our text-vision framework can be used to detect abnormalities in unreported brain MRI examinations by scoring scans against suitable query sentences (e.g., 'there is an acute stroke', 'there is hydrocephalus' etc.), enabling a range of classification-based applications including automated triage. Potentially, our framework could also serve as a clinical decision support tool, not only by suggesting findings to radiologists and detecting errors in provisional reports, but also by retrieving and displaying examples of pathologies from historical examinations that could be relevant to the current case based on textual descriptors.
- Abstract(参考訳): 大規模で専門家によるラベル付きデータセットでトレーニングされたニューラルネットワークは、さまざまな医療画像認識タスクの最先端と見なされている。
しかしながら、分類されたラベル付きデータセットは、事前に定義された固定されたクラスのセットに分類の生成と制約に時間を要する。
特に神経放射線学の応用においては、これは臨床応用の障壁となる。
これらの課題に対処するため,我々は,脳MRI検査における臨床的に関連のある異常を検出するための自己教師型テキストビジョンフレームワークを,自由テキスト神経放射線学レポートに付随する豊富な情報を直接活用して提案する。
トレーニングアプローチは2段階で構成されました。
まず、専門的な神経放射線学言語モデルであるNeuroBERTを用いて、ドメイン固有の自己教師型学習タスクを通して、神経放射線学レポート(N = 50,523)の固定次元ベクトル表現を生成する訓練を行った。
次に、畳み込みニューラルネットワーク(MRIシーケンス毎に1つ)は、平均二乗誤差損失を最適化することにより、個々の脳スキャンを対応するテキストベクトル表現にマッピングすることを学ぶ。
トレーニングを済ませると、私たちのテキストビジョンフレームワークは、適切なクエリ文(例えば、「脳卒中」や「脳卒中」など)をスキャンすることで、報告されていない脳MRI検査の異常を検出することができ、自動トリアージを含む様々な分類ベースのアプリケーションを可能にします。
また,本フレームワークは,放射線科医に発見を示唆し,仮報告の誤りを検知するだけでなく,テキスト記述子に基づく現在の症例に関連のある歴史的検査から病理例を検索,表示することで,臨床診断支援ツールとしても機能する可能性がある。
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