論文の概要: GP-MoLFormer: A Foundation Model For Molecular Generation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.04912v1
• Date: Thu, 4 Apr 2024 16:20:06 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-05-12 15:40:48.842603
• Title: GP-MoLFormer: A Foundation Model For Molecular Generation
• Title（参考訳）: GP-MoLFormer:分子生成の基礎モデル
• Authors: Jerret Ross, Brian Belgodere, Samuel C. Hoffman, Vijil Chenthamarakshan, Youssef Mroueh, Payel Das,
• Abstract要約: 本研究では,大規模ケミカルデータセット上での化学言語トランスフォーマーの訓練パラダイムを,本研究における生成タスクにまで拡張する。 具体的には, GP-MoLFormerを提案する。GP-MoLFormerは1.1B以上のケミカルSMILESをトレーニングした自己回帰分子文字列生成装置である。 GP-MoLFormerは、生成分子の数が100億の範囲にあり、参照集合が10億を超える場合でも、かなりの数の新規かつ有効でユニークなSMILESを生成することができる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 31.569161097828893
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Transformer-based models trained on large and general purpose datasets consisting of molecular strings have recently emerged as a powerful tool for successfully modeling various structure-property relations. Inspired by this success, we extend the paradigm of training chemical language transformers on large-scale chemical datasets to generative tasks in this work. Specifically, we propose GP-MoLFormer, an autoregressive molecular string generator that is trained on more than 1.1B chemical SMILES. GP-MoLFormer uses a 46.8M parameter transformer decoder model with linear attention and rotary positional encodings as the base architecture. We explore the utility of GP-MoLFormer in generating novel, valid, and unique SMILES. Impressively, we find GP-MoLFormer is able to generate a significant fraction of novel, valid, and unique SMILES even when the number of generated molecules is in the 10 billion range and the reference set is over a billion. We also find strong memorization of training data in GP-MoLFormer generations, which has so far remained unexplored for chemical language models. Our analyses reveal that training data memorization and novelty in generations are impacted by the quality of the training data; duplication bias in training data can enhance memorization at the cost of lowering novelty. We evaluate GP-MoLFormer's utility and compare it with that of existing baselines on three different tasks: de novo generation, scaffold-constrained molecular decoration, and unconstrained property-guided optimization. While the first two are handled with no additional training, we propose a parameter-efficient fine-tuning method for the last task, which uses property-ordered molecular pairs as input. We call this new approach pair-tuning. Our results show GP-MoLFormer performs better or comparable with baselines across all three tasks, demonstrating its general utility.
• Abstract（参考訳）: 分子列からなる大規模かつ汎用的なデータセットに基づいてトレーニングされたトランスフォーマーベースモデルは、最近、様々な構造とプロパティの関係をモデル化する強力なツールとして登場した。 この成功に触発されて、我々は、大規模化学データセット上で化学言語トランスフォーマーを訓練するパラダイムを、本研究における生成タスクにまで拡張した。 具体的には, GP-MoLFormerを提案する。GP-MoLFormerは1.1B以上のケミカルSMILESをトレーニングした自己回帰分子文字列生成装置である。 GP-MoLFormerは46.8Mパラメータトランスフォーマーデコーダモデルを使用しており、ベースアーキテクチャは線形アテンションと回転位置エンコーディングである。 GP-MoLFormerの新規かつ有効かつユニークなSMILES生成における有用性について検討する。 印象的なことに、GP-MoLFormerは、生成分子数が100億の範囲にあり、参照集合が10億を超える場合でも、かなりの数の新規かつ有効でユニークなSMILESを生成することができる。 また, GP-MoLFormer 世代におけるトレーニングデータの強い記憶が, 化学言語モデルでは探索されていない。 本分析により, トレーニングデータの記憶と新規性は, トレーニングデータの質に左右され, 重複バイアスは, 新規性を低下させるコストで記憶を向上させることができることがわかった。 GP-MoLFormerの実用性を評価し,デノボ生成,足場拘束分子装飾,非拘束特性誘導最適化の3つのタスクにおける既存のベースラインと比較した。 最初の2つは、追加の訓練を伴わずに処理されるが、特性順序付き分子対を入力として使用する、最後のタスクに対するパラメータ効率の良い微調整法を提案する。 私たちはこの新しいアプローチをペアチューニングと呼んでいる。 この結果から,GP-MoLFormerは3つのタスクにまたがるベースラインと同等以上の性能を示し,その汎用性を実証した。

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