論文の概要: A survey and benchmark of high-dimensional Bayesian optimization of discrete sequences

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.04739v1
• Date: Fri, 7 Jun 2024 08:39:40 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-10 14:59:58.589967
• Title: A survey and benchmark of high-dimensional Bayesian optimization of discrete sequences
• Title（参考訳）: 離散列の高次元ベイズ最適化に関する調査とベンチマーク
• Authors: Miguel González-Duque, Richard Michael, Simon Bartels, Yevgen Zainchkovskyy, Søren Hauberg, Wouter Boomsma,
• Abstract要約: 個々のブラックボックス機能を最適化することは、タンパク質工学や薬物設計など、いくつかの領域において重要である。 我々は,高次元ベイズ最適化手法と標準化されたブラックボックス関数の集合を幅広くテストするための統一的なフレームワークを開発する。 これらのベンチマークの2つのコンポーネントはそれぞれ、柔軟でスケーラブルで容易に拡張可能なソフトウェアライブラリによってサポートされています。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 12.248793682283964
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Optimizing discrete black-box functions is key in several domains, e.g. protein engineering and drug design. Due to the lack of gradient information and the need for sample efficiency, Bayesian optimization is an ideal candidate for these tasks. Several methods for high-dimensional continuous and categorical Bayesian optimization have been proposed recently. However, our survey of the field reveals highly heterogeneous experimental set-ups across methods and technical barriers for the replicability and application of published algorithms to real-world tasks. To address these issues, we develop a unified framework to test a vast array of high-dimensional Bayesian optimization methods and a collection of standardized black-box functions representing real-world application domains in chemistry and biology. These two components of the benchmark are each supported by flexible, scalable, and easily extendable software libraries (poli and poli-baselines), allowing practitioners to readily incorporate new optimization objectives or discrete optimizers. Project website: https://machinelearninglifescience.github.io/hdbo_benchmark
• Abstract（参考訳）: 個々のブラックボックス関数の最適化は、タンパク質工学や薬物設計など、いくつかの領域において重要である。 勾配情報の欠如とサンプル効率の必要性により、ベイジアン最適化はこれらのタスクの理想的な候補である。 近年,高次元連続・カテゴリー的ベイズ最適化法が提案されている。 しかし,本調査では,実世界の課題に対する公開アルゴリズムの複製性と適用のための手法と技術的障壁にまたがる極めて異種な実験的なセットアップを明らかにした。 これらの問題に対処するため,我々は,化学・生物学における実世界の応用領域を表す高次元ベイズ最適化手法と標準化されたブラックボックス関数の集合をテストする統一的なフレームワークを開発した。 これらのベンチマークの2つのコンポーネントはそれぞれ、フレキシブルでスケーラブルで容易に拡張可能なソフトウェアライブラリ(ポリとポリベースライン)でサポートされており、実践者は簡単に新しい最適化目標や離散オプティマイザを組み込むことができる。 プロジェクトウェブサイト:https://machinelearninglifescience.github.io/hdbo_benchmark

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