論文の概要: Semantically Rich Local Dataset Generation for Explainable AI in Genomics

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.02984v2
• Date: Fri, 5 Jul 2024 10:48:27 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-07-08 22:15:07.745182
• Title: Semantically Rich Local Dataset Generation for Explainable AI in Genomics
• Title（参考訳）: ゲノミクスにおける説明可能なAIのための意味的にリッチな局所データセット生成
• Authors: Pedro Barbosa, Rosina Savisaar, Alcides Fonseca,
• Abstract要約: ゲノム配列に基づいて訓練されたブラックボックス深層学習モデルは、異なる遺伝子制御機構の結果を予測するのに優れている。 本稿では、遺伝的プログラミングを用いて、その意味的多様性に寄与する配列の摂動を進化させることによりデータセットを生成することを提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.716879432974126
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: Black box deep learning models trained on genomic sequences excel at predicting the outcomes of different gene regulatory mechanisms. Therefore, interpreting these models may provide novel insights into the underlying biology, supporting downstream biomedical applications. Due to their complexity, interpretable surrogate models can only be built for local explanations (e.g., a single instance). However, accomplishing this requires generating a dataset in the neighborhood of the input, which must maintain syntactic similarity to the original data while introducing semantic variability in the model's predictions. This task is challenging due to the complex sequence-to-function relationship of DNA. We propose using Genetic Programming to generate datasets by evolving perturbations in sequences that contribute to their semantic diversity. Our custom, domain-guided individual representation effectively constrains syntactic similarity, and we provide two alternative fitness functions that promote diversity with no computational effort. Applied to the RNA splicing domain, our approach quickly achieves good diversity and significantly outperforms a random baseline in exploring the search space, as shown by our proof-of-concept, short RNA sequence. Furthermore, we assess its generalizability and demonstrate scalability to larger sequences, resulting in a ~30% improvement over the baseline.
• Abstract（参考訳）: ゲノム配列に基づいて訓練されたブラックボックス深層学習モデルは、異なる遺伝子制御機構の結果を予測するのに優れている。 したがって、これらのモデルを解釈することで、下流の生物医学的応用をサポートする基礎となる生物学に関する新たな洞察が得られるかもしれない。 その複雑さのため、解釈可能な代理モデルは局所的な説明(例:単一インスタンス)のためにのみ構築できる。 しかし、これを実現するには、入力の近傍にデータセットを生成する必要がある。これは、モデルの予測にセマンティック変数を導入しながら、元のデータと構文的類似性を維持する必要がある。 この課題はDNAの複雑な配列と機能の関係のため困難である。 本稿では、遺伝的プログラミングを用いて、その意味的多様性に寄与する配列の摂動を進化させることによりデータセットを生成することを提案する。 我々のカスタムドメイン誘導型個人表現は、構文的類似性を効果的に制約し、計算労力なしで多様性を促進する2つの代替フィットネス関数を提供する。 本手法はRNAスプライシング領域に適用し, 優れた多様性を実現し, 検索空間を探索する際のランダムなベースラインを著しく上回っている。 さらに、その一般化性を評価し、より大きなシーケンスに対するスケーラビリティを実証し、ベースラインよりも約30%改善する。

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