論文の概要: SeqMate: A Novel Large Language Model Pipeline for Automating RNA Sequencing
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.03381v1
- Date: Tue, 2 Jul 2024 20:28:30 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-08 20:20:26.153586
- Title: SeqMate: A Novel Large Language Model Pipeline for Automating RNA Sequencing
- Title（参考訳）: SeqMate:RNAシークエンシングを自動化する新しい大規模言語モデルパイプライン
- Authors: Devam Mondal, Atharva Inamdar,
- Abstract要約: SeqMateは、大規模言語モデル(LLM)のパワーを活用してワンクリック分析を可能にするツールで、データ準備と分析の両方を自動化する。
生成AIの力を利用することで、SeqMateはこれらの発見を分析し、制御/制御/ユーザプロンプトされた遺伝子について書かれたレポートを作成することができる。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: RNA sequencing techniques, like bulk RNA-seq and Single Cell (sc) RNA-seq, are critical tools for the biologist looking to analyze the genetic activity/transcriptome of a tissue or cell during an experimental procedure. Platforms like Illumina's next-generation sequencing (NGS) are used to produce the raw data for this experimental procedure. This raw FASTQ data must then be prepared via a complex series of data manipulations by bioinformaticians. This process currently takes place on an unwieldy textual user interface like a terminal/command line that requires the user to install and import multiple program packages, preventing the untrained biologist from initiating data analysis. Open-source platforms like Galaxy have produced a more user-friendly pipeline, yet the visual interface remains cluttered and highly technical, remaining uninviting for the natural scientist. To address this, SeqMate is a user-friendly tool that allows for one-click analytics by utilizing the power of a large language model (LLM) to automate both data preparation and analysis (differential expression, trajectory analysis, etc). Furthermore, by utilizing the power of generative AI, SeqMate is also capable of analyzing such findings and producing written reports of upregulated/downregulated/user-prompted genes with sources cited from known repositories like PubMed, PDB, and Uniprot.
- Abstract（参考訳）: バルクRNAシークエンシング技術(バルクRNAシーク)やシングルセルRNAシークエンシング技術(scRNAシークエンシング技術)は、実験中の組織や細胞の遺伝活動や転写を解析しようとする生物学者にとって重要なツールである。
Illuminaの次世代シークエンシング(NGS)のようなプラットフォームは、この実験手順の生データを生成するために使用される。
この生のFASTQデータは、バイオインフォマティクスによる複雑なデータ操作によって作成されなければならない。
このプロセスは、ユーザが複数のプログラムパッケージをインストールしてインポートする必要がある端末/コマンドラインのような、扱いにくいテキストユーザーインターフェースで実行され、訓練されていない生物学者がデータ分析を開始するのを防ぐ。
Galaxyのようなオープンソースプラットフォームは、よりユーザフレンドリーなパイプラインを作成していますが、ビジュアルインターフェースはいまだに散らかっていて、非常に技術的です。
SeqMateはユーザフレンドリなツールで、大きな言語モデル(LLM)のパワーを利用して、データ準備と分析(差分式、軌道解析など)を自動化する。
さらに、生成AIの力を利用することで、SeqMateはこれらの発見を分析し、PubMed、PDB、Uniprotといった既知のリポジトリから引用されたソースで、制御/制御/ユーザプロンプトされた遺伝子に関する記述されたレポートを生成することができる。
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