論文の概要: Rapid Biomedical Research Classification: The Pandemic PACT Advanced Categorisation Engine
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.10086v2
- Date: Fri, 19 Jul 2024 14:28:26 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-22 21:49:14.900206
- Title: Rapid Biomedical Research Classification: The Pandemic PACT Advanced Categorisation Engine
- Title（参考訳）: バイオメディカル研究の迅速分類:パンデミックPACT先端分類エンジン
- Authors: Omid Rohanian, Mohammadmahdi Nouriborji, Olena Seminog, Rodrigo Furst, Thomas Mendy, Shanthi Levanita, Zaharat Kadri-Alabi, Nusrat Jabin, Daniela Toale, Georgina Humphreys, Emilia Antonio, Adrian Bucher, Alice Norton, David A. Clifton,
- Abstract要約: Pandemic PACTプロジェクトは、アウトブレイクの可能性のある幅広い病気の研究資金と臨床証拠を追跡し、分析することを目的としている。
本稿では,Pandemic PACT Advanced Categorisation Engine(PPACE)と関連するデータセットを紹介する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 10.692728349388297
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: This paper introduces the Pandemic PACT Advanced Categorisation Engine (PPACE) along with its associated dataset. PPACE is a fine-tuned model developed to automatically classify research abstracts from funded biomedical projects according to WHO-aligned research priorities. This task is crucial for monitoring research trends and identifying gaps in global health preparedness and response. Our approach builds on human-annotated projects, which are allocated one or more categories from a predefined list. A large language model is then used to generate `rationales' explaining the reasoning behind these annotations. This augmented data, comprising expert annotations and rationales, is subsequently used to fine-tune a smaller, more efficient model. Developed as part of the Pandemic PACT project, which aims to track and analyse research funding and clinical evidence for a wide range of diseases with outbreak potential, PPACE supports informed decision-making by research funders, policymakers, and independent researchers. We introduce and release both the trained model and the instruction-based dataset used for its training. Our evaluation shows that PPACE significantly outperforms its baselines. The release of PPACE and its associated dataset offers valuable resources for researchers in multilabel biomedical document classification and supports advancements in aligning biomedical research with key global health priorities.
- Abstract（参考訳）: 本稿では,Pandemic PACT Advanced Categorisation Engine(PPACE)と関連するデータセットを紹介する。
PPACEは、WHOによる研究の優先順位に従って、資金提供されたバイオメディカルプロジェクトから研究抽象物を自動分類するために開発された微調整モデルである。
この課題は、研究動向を監視し、世界保健の準備と対応のギャップを特定するために不可欠である。
私たちのアプローチは、事前に定義されたリストから1つ以上のカテゴリが割り当てられた、人手によるプロジェクトに基づいています。
次に、大きな言語モデルを使用して、これらのアノテーションの背後にある理由を説明する 'rationales' を生成する。
専門家のアノテーションと合理性を含むこの拡張データは、その後、より小さく、より効率的なモデルを微調整するために使用される。
Pandemic PACTプロジェクトの一環として開発されたPPACEは、研究資金と、発生可能性のある幅広い疾患の臨床的証拠の追跡と分析を目的としており、研究資金提供者、政策立案者、独立研究者による情報意思決定を支援している。
トレーニングに使用するトレーニングモデルとインストラクションベースのデータセットの両方を導入・リリースする。
本評価は,PPACEがベースラインを著しく上回ることを示す。
PPACEとその関連するデータセットのリリースは、多ラベルのバイオメディカル文書分類の研究者に貴重なリソースを提供し、バイオメディカル研究と重要なグローバルヘルスの優先順位を合わせるための進歩をサポートする。
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