論文の概要: Predicting T-Cell Receptor Specificity
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.19349v1
- Date: Sat, 27 Jul 2024 23:21:07 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-30 18:41:57.631156
- Title: Predicting T-Cell Receptor Specificity
- Title(参考訳): T細胞受容体特異性の予測
- Authors: Tengyao Tu, Wei Zeng, Kun Zhao, Zhenyu Zhang,
- Abstract要約: 我々は,ランダムフォレストアルゴリズムに基づいて,抗原セレクタとTCR分類器からなるTCR生成特異性検出フレームワークを構築した。
モデルの性能を通常のディープラーニング手法と比較するために,k-fold Validation法を用いた。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 7.258321140371502
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Researching the specificity of TCR contributes to the development of immunotherapy and provides new opportunities and strategies for personalized cancer immunotherapy. Therefore, we established a TCR generative specificity detection framework consisting of an antigen selector and a TCR classifier based on the Random Forest algorithm, aiming to efficiently screen out TCRs and target antigens and achieve TCR specificity prediction. Furthermore, we used the k-fold validation method to compare the performance of our model with ordinary deep learning methods. The result proves that adding a classifier to the model based on the random forest algorithm is very effective, and our model generally outperforms ordinary deep learning methods. Moreover, we put forward feasible optimization suggestions for the shortcomings and challenges of our model found during model implementation.
- Abstract(参考訳): TCRの特異性の研究は、免疫療法の発展に寄与し、パーソナライズされたがん免疫療法の新しい機会と戦略を提供する。
そこで我々は,Random Forestアルゴリズムに基づく抗原セレクタとTCR分類器からなるTCR生成特異性検出フレームワークを構築し,TCRとターゲット抗原を効率的にスクリーニングし,TCR特異性予測を実現することを目的とした。
さらに,kフォールド検証法を用いて,モデルの性能を通常のディープラーニング法と比較した。
その結果、ランダムフォレストアルゴリズムに基づくモデルに分類器を追加することは極めて効果的であることが証明され、我々のモデルは一般的に通常の深層学習法よりも優れていた。
さらに、モデル実装中に見つかったモデルの欠点と課題に対して、実現可能な最適化提案を行った。
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