論文の概要: Rethinking Pre-trained Feature Extractor Selection in Multiple Instance Learning for Whole Slide Image Classification

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2408.01167v2
• Date: Fri, 08 Nov 2024 02:01:00 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-11 14:52:18.056914
• Title: Rethinking Pre-trained Feature Extractor Selection in Multiple Instance Learning for Whole Slide Image Classification
• Title（参考訳）: 全スライド画像分類のための複数インスタンス学習における事前訓練された特徴外子選択の再考
• Authors: Bryan Wong, Mun Yong Yi,
• Abstract要約: 複数インスタンス学習(MIL)は、パッチレベルのアノテーションを必要とせずに、ギガピクセル全体のスライド画像(WSI)分類に好まれる方法となっている。 本研究では,3次元のMIL特徴抽出器(事前学習データセット,バックボーンモデル,事前学習手法)を体系的に評価する。 この結果から,堅牢な自己教師付き学習(SSL)手法の選択は,ドメイン内事前学習データセットのみに依存するよりも,パフォーマンスに大きな影響を与えることが明らかとなった。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 2.6703221234079946
• License:
• Abstract: Multiple instance learning (MIL) has become a preferred method for gigapixel whole slide image (WSI) classification without requiring patch-level annotations. Current MIL research primarily relies on embedding-based approaches, which extract patch features using a pre-trained feature extractor and aggregate them for slide-level prediction. Despite the critical role of feature extraction, there is limited guidance on selecting optimal feature extractors to maximize WSI performance. This study addresses this gap by systematically evaluating MIL feature extractors across three dimensions: pre-training dataset, backbone model, and pre-training method. Extensive experiments were conducted on two public WSI datasets (TCGA-NSCLC and Camelyon16) using four state-of-the-art (SOTA) MIL models. Our findings reveal that selecting a robust self-supervised learning (SSL) method has a greater impact on performance than relying solely on an in-domain pre-training dataset. Additionally, prioritizing Transformer-based backbones with deeper architectures over CNN-based models and using larger, more diverse pre-training datasets significantly enhances classification outcomes. We believe these insights provide practical guidance for optimizing WSI classification and explain the reasons behind the performance advantages of current SOTA pathology foundation models. Furthermore, this work may inform the development of more effective foundation models. Our code is publicly available at https://anonymous.4open.science/r/MIL-Feature-Extractor-Selection
• Abstract（参考訳）: 複数インスタンス学習(MIL)は、パッチレベルのアノテーションを必要とせずに、ギガピクセル全体のスライド画像(WSI)分類に好まれる方法となっている。 現在のMIL研究は主に埋め込みベースのアプローチに依存しており、事前に訓練された特徴抽出器を用いてパッチの特徴を抽出し、それらをスライドレベルの予測のために集約する。 特徴抽出の重要な役割にもかかわらず、WSI性能を最大化するために最適な特徴抽出器を選択するためのガイダンスは限られている。 本研究では,3次元のMIL特徴抽出器(事前学習データセット,バックボーンモデル,事前学習手法)を体系的に評価することにより,このギャップを解消する。 2つのWSIデータセット(TCGA-NSCLCとCamelyon16)で4つの最先端(SOTA)MILモデルを用いて大規模な実験を行った。 この結果から,堅牢な自己教師付き学習(SSL)手法の選択は,ドメイン内事前学習データセットのみに依存するよりも,パフォーマンスに大きな影響を与えることが明らかとなった。 さらに、トランスフォーマーベースのバックボーンをCNNベースのモデルよりも深いアーキテクチャで優先順位付けし、より大きな、より多様な事前トレーニングデータセットを使用することで、分類結果が大幅に向上する。 これらの知見は、WSI分類を最適化するための実践的なガイダンスを提供し、現在のSOTA病理基盤モデルの性能上の利点の背景にある理由を説明します。 さらに、この研究はより効果的な基礎モデルの開発に影響を及ぼす可能性がある。 私たちのコードはhttps://anonymous.4open.science/r/MIL-Feature-Extractor-Selectionで公開されています。

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