論文の概要: Exploring the Potentials and Challenges of Using Large Language Models for the Analysis of Transcriptional Regulation of Long Non-coding RNAs

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.03522v1
• Date: Tue, 05 Nov 2024 21:57:38 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-07 19:24:04.991264
• Title: Exploring the Potentials and Challenges of Using Large Language Models for the Analysis of Transcriptional Regulation of Long Non-coding RNAs
• Title（参考訳）: 長鎖非コードRNAの転写制御解析における大規模言語モデルの可能性と課題
• Authors: Wei Wang, Zhichao Hou, Xiaorui Liu, Xinxia Peng,
• Abstract要約: 長鎖非コードRNA(lncRNA)は遺伝子制御と疾患機構において重要な役割を担っている。 lncRNA配列の複雑さと多様性、およびその機能機構の限られた知識と発現の調節は、lncRNA研究に重大な課題をもたらす。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 12.790491293672632
• License:
• Abstract: Research on long non-coding RNAs (lncRNAs) has garnered significant attention due to their critical roles in gene regulation and disease mechanisms. However, the complexity and diversity of lncRNA sequences, along with the limited knowledge of their functional mechanisms and the regulation of their expressions, pose significant challenges to lncRNA studies. Given the tremendous success of large language models (LLMs) in capturing complex dependencies in sequential data, this study aims to systematically explore the potential and limitations of LLMs in the sequence analysis related to the transcriptional regulation of lncRNA genes. Our extensive experiments demonstrated promising performance of fine-tuned genome foundation models on progressively complex tasks. Furthermore, we conducted an insightful analysis of the critical impact of task complexity, model selection, data quality, and biological interpretability for the studies of the regulation of lncRNA gene expression.
• Abstract（参考訳）: 長い非コードRNA(lncRNA)の研究は、遺伝子制御と疾患機構において重要な役割を担っているため、大きな注目を集めている。 しかし、lncRNA配列の複雑さと多様性は、その機能機構の限られた知識と発現の調節と共に、lncRNA研究に重大な課題をもたらす。 本研究は,lncRNA遺伝子の転写調節に関わる配列解析において,LLMの潜在性と限界を体系的に探求することを目的としている。 我々の広範な実験は、段階的に複雑なタスクにおいて、微調整されたゲノム基盤モデルの有望な性能を実証した。 さらに,lncRNA遺伝子の発現調節に関する研究において,タスクの複雑さ,モデル選択,データ品質,生物学的解釈性などの重要な影響について,洞察力のある分析を行った。

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