論文の概要: Protein Large Language Models: A Comprehensive Survey

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2502.17504v1
• Date: Fri, 21 Feb 2025 19:22:10 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-02-26 15:23:35.169967
• Title: Protein Large Language Models: A Comprehensive Survey
• Title（参考訳）: タンパク質の大規模言語モデル:包括的調査
• Authors: Yijia Xiao, Wanjia Zhao, Junkai Zhang, Yiqiao Jin, Han Zhang, Zhicheng Ren, Renliang Sun, Haixin Wang, Guancheng Wan, Pan Lu, Xiao Luo, Yu Zhang, James Zou, Yizhou Sun, Wei Wang,
• Abstract要約: タンパク質特異的な大規模言語モデル(Protein LLMs)は、より効率的なタンパク質構造予測、機能アノテーション、設計を可能にすることで、タンパク質科学に革命をもたらしている。 この作業は、アーキテクチャ、データセットのトレーニング、評価メトリクス、さまざまなアプリケーションをカバーする、Protein LLMの最初の包括的な概要を提供する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 71.65899614084853
• License:
• Abstract: Protein-specific large language models (Protein LLMs) are revolutionizing protein science by enabling more efficient protein structure prediction, function annotation, and design. While existing surveys focus on specific aspects or applications, this work provides the first comprehensive overview of Protein LLMs, covering their architectures, training datasets, evaluation metrics, and diverse applications. Through a systematic analysis of over 100 articles, we propose a structured taxonomy of state-of-the-art Protein LLMs, analyze how they leverage large-scale protein sequence data for improved accuracy, and explore their potential in advancing protein engineering and biomedical research. Additionally, we discuss key challenges and future directions, positioning Protein LLMs as essential tools for scientific discovery in protein science. Resources are maintained at https://github.com/Yijia-Xiao/Protein-LLM-Survey.
• Abstract（参考訳）: タンパク質特異的な大規模言語モデル(Protein LLM)は、より効率的なタンパク質構造予測、機能アノテーション、設計を可能にすることで、タンパク質科学に革命をもたらしている。 既存の調査は、特定の側面やアプリケーションに焦点を当てているが、この研究は、アーキテクチャ、データセットのトレーニング、評価メトリクス、多様なアプリケーションをカバーする、Protein LLMの最初の包括的な概要を提供する。 100以上の論文の体系的な分析を通じて、最先端のタンパク質LLMの構造的分類法を提案し、それらの大規模タンパク質配列データをどのように活用して精度を向上させるかを分析し、タンパク質工学および生物医学研究の進展におけるその可能性を探る。 さらに,タンパク質LLMをタンパク質科学の科学的発見に欠かせないツールとして位置づける上で,重要な課題と今後の方向性について論じる。 リソースはhttps://github.com/Yijia-Xiao/Protein-LLM-Surveyで管理されている。

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