論文の概要: eccDNAMamba: A Pre-Trained Model for Ultra-Long eccDNA Sequence Analysis
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2506.18940v1
- Date: Sun, 22 Jun 2025 17:50:57 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-06-25 19:48:23.302075
- Title: eccDNAMamba: A Pre-Trained Model for Ultra-Long eccDNA Sequence Analysis
- Title（参考訳）: eccDNAMamba:Ultra-Long eccDNA配列解析のための事前学習モデル
- Authors: Zhenke Liu, Jien Li, Ziqi Zhang,
- Abstract要約: 染色体外環状DNA(eccDNA)は重要な調節因子であり、癌における癌遺伝子過剰発現に寄与する。
現在、トレーニング済みのモデルでは、下流分析のためにフル長の円形eccDNAをサポートしていない。
eccDNAMambaは、円形DNA配列に調整された最初の双方向状態空間エンコーダである。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.86106644437914
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Extrachromosomal circular DNA (eccDNA) plays key regulatory roles and contributes to oncogene overexpression in cancer through high-copy amplification and long-range interactions. Despite advances in modeling, no pre-trained models currently support full-length circular eccDNA for downstream analysis. Existing genomic models are either limited to single-nucleotide resolution or hindered by the inefficiency of the quadratic attention mechanism. Here, we introduce eccDNAMamba, the first bidirectional state-space encoder tailored for circular DNA sequences. It combines forward and reverse passes for full-context representation learning with linear-time complexity, and preserves circular structure through a novel augmentation strategy. Tested on two real-world datasets, eccDNAMamba achieves strong classification performance and scales to sequences up to 200 Kbp, offering a robust and efficient framework for modeling circular genomes. Our codes are available at https://github.com/zzq1zh/GenAI-Lab.
- Abstract（参考訳）: 染色体外環状DNA(eccDNA)は重要な調節因子であり、ハイコピー増幅と長距離相互作用を通じて癌における癌遺伝子過剰発現に寄与する。
モデリングの進歩にもかかわらず、現在トレーニング済みのモデルでは、下流分析のためにフル長の円形eccDNAをサポートしていない。
既存のゲノムモデルは単一ヌクレオチド分解能に制限されるか、二次的な注意機構の非効率性によって妨げられる。
ここでは、円弧DNA配列に適した、最初の双方向状態空間エンコーダであるeccDNAMambaを紹介する。
これは、フルコンテキスト表現学習のための前と逆のパスと線形時間複雑性を結合し、新しい拡張戦略を通じて円形構造を保存する。
eccDNAMambaは2つの実世界のデータセットでテストされ、強力な分類性能と200Kbpまでの配列のスケールを実現し、円周ゲノムをモデリングするための堅牢で効率的なフレームワークを提供する。
私たちのコードはhttps://github.com/zzq1zh/GenAI-Labで公開されています。
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