論文の概要: Frame-based Equivariant Diffusion Models for 3D Molecular Generation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2509.19506v2
- Date: Mon, 06 Oct 2025 11:26:19 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-10-07 14:28:10.759059
- Title: Frame-based Equivariant Diffusion Models for 3D Molecular Generation
- Title（参考訳）: 3次元分子生成のためのフレームベース同変拡散モデル
- Authors: Mohan Guo, Cong Liu, Patrick Forré,
- Abstract要約: 分子生成のためのスケーラブルでフレキシブルで物理的に基盤化されたパラダイムとして,フレームベースの拡散について検討する。
本研究は, フレームベース拡散を分子生成のための拡張性, 柔軟性, 物理的基盤となるパラダイムとして確立する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 16.663144492330247
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Recent methods for molecular generation face a trade-off: they either enforce strict equivariance with costly architectures or relax it to gain scalability and flexibility. We propose a frame-based diffusion paradigm that achieves deterministic E(3)-equivariance while decoupling symmetry handling from the backbone. Building on this paradigm, we investigate three variants: Global Frame Diffusion (GFD), which assigns a shared molecular frame; Local Frame Diffusion (LFD), which constructs node-specific frames and benefits from additional alignment constraints; and Invariant Frame Diffusion (IFD), which relies on pre-canonicalized invariant representations. To enhance expressivity, we further utilize EdgeDiT, a Diffusion Transformer with edge-aware attention. On the QM9 dataset, GFD with EdgeDiT achieves state-of-the-art performance, with a test NLL of -137.97 at standard scale and -141.85 at double scale, alongside atom stability of 98.98%, and molecular stability of 90.51%. These results surpass all equivariant baselines while maintaining high validity and uniqueness and nearly 2x faster sampling compared to EDM. Altogether, our study establishes frame-based diffusion as a scalable, flexible, and physically grounded paradigm for molecular generation, highlighting the critical role of global structure preservation.
- Abstract（参考訳）: 最近の分子生成法はトレードオフに直面しており、コストのかかるアーキテクチャと厳密な等価性を強制するか、スケーラビリティと柔軟性を得るためにそれを緩和する。
本稿では, 骨格から対称性処理を分離しながら, 決定論的E(3)-等価性を実現するフレームベース拡散パラダイムを提案する。
このパラダイムに基づいて、共有分子フレームを割り当てるGlobal Frame Diffusion(GFD)、ノード固有のフレームを構築し、追加のアライメント制約から恩恵を受けるLocal Frame Diffusion(LFD)、事前カノニゼーションされた不変表現に依存するInvariant Frame Diffusion(IFD)の3つの変種を調査する。
表現性を高めるために,エッジ対応の拡散変換器であるEdgeDiTを利用する。
QM9データセットでは、EdgeDiTを用いたGFDは最先端のパフォーマンスを実現し、標準スケールでのNLLは-137.97、ダブルスケールでの-141.85、原子安定性98.98%、分子安定性90.51%である。
これらの結果は、EDMと比較して高い妥当性と特異性を維持しつつ、全ての同変基線を越え、サンプリングを2倍近く高速化した。
また,本研究では, フレームベース拡散を分子生成のための拡張性, 柔軟性, 物理的基盤としたパラダイムとして確立し, 地球構造保存の重要な役割を浮き彫りにした。
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