論文の概要: Departures: Distributional Transport for Single-Cell Perturbation Prediction with Neural Schrödinger Bridges

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2511.13124v1
• Date: Mon, 17 Nov 2025 08:27:13 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-11-18 14:36:25.001596
• Title: Departures: Distributional Transport for Single-Cell Perturbation Prediction with Neural Schrödinger Bridges
• Title（参考訳）: 分割:ニューラルシュレーディンガーブリッジを用いた単セル摂動予測のための分散輸送
• Authors: Changxi Chi, Yufei Huang, Jun Xia, Jiangbin Zheng, Yunfan Liu, Zelin Zang, Stan Z. Li,
• Abstract要約: 遺伝子機能解析における大きなボトルネックは、単細胞データの未成熟の性質である。 我々は、SB(Schrdinger Bridge)を近似して、単セル摂動データに対処する。 本モデルは,異種単一セル応答を効果的に捉え,最先端の性能を実現する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 51.83259180910313
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Predicting single-cell perturbation outcomes directly advances gene function analysis and facilitates drug candidate selection, making it a key driver of both basic and translational biomedical research. However, a major bottleneck in this task is the unpaired nature of single-cell data, as the same cell cannot be observed both before and after perturbation due to the destructive nature of sequencing. Although some neural generative transport models attempt to tackle unpaired single-cell perturbation data, they either lack explicit conditioning or depend on prior spaces for indirect distribution alignment, limiting precise perturbation modeling. In this work, we approximate Schrödinger Bridge (SB), which defines stochastic dynamic mappings recovering the entropy-regularized optimal transport (OT), to directly align the distributions of control and perturbed single-cell populations across different perturbation conditions. Unlike prior SB approximations that rely on bidirectional modeling to infer optimal source-target sample coupling, we leverage Minibatch-OT based pairing to avoid such bidirectional inference and the associated ill-posedness of defining the reverse process. This pairing directly guides bridge learning, yielding a scalable approximation to the SB. We approximate two SB models, one modeling discrete gene activation states and the other continuous expression distributions. Joint training enables accurate perturbation modeling and captures single-cell heterogeneity. Experiments on public genetic and drug perturbation datasets show that our model effectively captures heterogeneous single-cell responses and achieves state-of-the-art performance.
• Abstract（参考訳）: 単細胞摂動の結果を予測することは、遺伝子機能解析を直接進め、薬物候補の選択を促進する。 しかし, シークエンシングの破壊的な性質のため, 摂動前後で同一の細胞が観察できないため, 単一細胞データの異常な性質が大きなボトルネックとなっている。 いくつかのニューラル生成トランスポートモデルは、障害のない単一セルの摂動データに対処しようとするが、明示的な条件がないか、間接分布アライメントのための事前の空間に依存しており、正確な摂動モデリングを制限している。 本研究では、エントロピー規則化された最適輸送(OT)を回復する確率的動的写像を定義するシュレーディンガー橋(SB)を近似し、異なる摂動条件における制御と摂動単細胞集団の分布を直接整合させる。 最適なソース-ターゲットのサンプル結合を推定するために双方向モデリングに依存する従来のSB近似とは異なり、Minibatch-OTベースのペアリングを活用して、このような双方向推論や、逆プロセスの定義に付随する不正さを回避する。 このペアリングは直接ブリッジラーニングを誘導し、SBにスケーラブルな近似をもたらす。 我々は2つのSBモデルを近似し、1つは離散的な遺伝子活性化状態と、もう1つは連続的な発現分布をモデル化する。 関節トレーニングは正確な摂動モデリングを可能にし、単一セルの不均一性を捉える。 公的遺伝学および薬物摂動データセットの実験により、我々のモデルは異種単一細胞応答を効果的に捉え、最先端のパフォーマンスを達成することが示されている。

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