論文の概要: Layer Probing Improves Kinase Functional Prediction with Protein Language Models

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2512.00376v1
• Date: Sat, 29 Nov 2025 08:06:11 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-12-02 19:46:34.203175
• Title: Layer Probing Improves Kinase Functional Prediction with Protein Language Models
• Title（参考訳）: Layer Probingはタンパク質言語モデルによるキナーゼ機能予測を改善する
• Authors: Ajit Kumar, IndraPrakash Jha,
• Abstract要約: 中間から後期のトランス層(20-33層)が最終層を32%上回っていることを示す。 基本層選択はキナーゼ機能の予測を大幅に改善する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.22590311296876828
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Protein language models (PLMs) have transformed sequence-based protein analysis, yet most applications rely only on final-layer embeddings, which may overlook biologically meaningful information encoded in earlier layers. We systematically evaluate all 33 layers of ESM-2 for kinase functional prediction using both unsupervised clustering and supervised classification. We show that mid-to-late transformer layers (layers 20-33) outperform the final layer by 32 percent in unsupervised Adjusted Rand Index and improve homology-aware supervised accuracy to 75.7 percent. Domain-level extraction, calibrated probability estimates, and a reproducible benchmarking pipeline further strengthen reliability. Our results demonstrate that transformer depth contains functionally distinct biological signals and that principled layer selection significantly improves kinase function prediction.
• Abstract（参考訳）: タンパク質言語モデル (PLM) は配列に基づくタンパク質解析を変換しているが、ほとんどのアプリケーションは最終層埋め込みにのみ依存している。 教師なしクラスタリングと教師付き分類の両方を用いて,ESM-2の33層全てをキナーゼ機能予測のために体系的に評価した。 中間層から中間層までのトランスフォーマー層(20-33層)は、教師なし適応ランダム指数において最終層を32%上回り、ホモロジー対応の精度を75.7%向上させることを示した。 ドメインレベルの抽出、キャリブレーションされた確率推定、再現可能なベンチマークパイプラインにより信頼性が向上する。 以上の結果から, トランスフォーマー深さは機能的に異なる生物学的信号を含み, 基本層選択はキナーゼ関数の予測を著しく改善することが示された。

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