論文の概要: Training Together, Diagnosing Better: Federated Learning for Collagen VI-Related Dystrophies
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2512.16876v1
- Date: Thu, 18 Dec 2025 18:44:13 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-12-19 18:10:32.221948
- Title: Training Together, Diagnosing Better: Federated Learning for Collagen VI-Related Dystrophies
- Title(参考訳): 一緒にトレーニングし、より良い診断をする:コラーゲンVI関連疾患に対するフェデレートラーニング
- Authors: Astrid Brull, Sara Aguti, Véronique Bolduc, Ying Hu, Daniel M. Jimenez-Gutierrez, Enrique Zuazua, Joaquin Del-Rio, Oleksii Sliusarenko, Haiyan Zhou, Francesco Muntoni, Carsten G. Bönnemann, Xabi Uribe-Etxebarria,
- Abstract要約: We report a novel global FL initiative using the Sherpa.ai FL platform for the diagnosis of collagen VI-related dystrophies (COL6-RD)。
その結果,COL6-RDに関連する3つの病原性メカニズム群にコラーゲンVIのイメージを分類できるMLモデルが得られた。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 3.266093964491111
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: The application of Machine Learning (ML) to the diagnosis of rare diseases, such as collagen VI-related dystrophies (COL6-RD), is fundamentally limited by the scarcity and fragmentation of available data. Attempts to expand sampling across hospitals, institutions, or countries with differing regulations face severe privacy, regulatory, and logistical obstacles that are often difficult to overcome. The Federated Learning (FL) provides a promising solution by enabling collaborative model training across decentralized datasets while keeping patient data local and private. Here, we report a novel global FL initiative using the Sherpa.ai FL platform, which leverages FL across distributed datasets in two international organizations for the diagnosis of COL6-RD, using collagen VI immunofluorescence microscopy images from patient-derived fibroblast cultures. Our solution resulted in an ML model capable of classifying collagen VI patient images into the three primary pathogenic mechanism groups associated with COL6-RD: exon skipping, glycine substitution, and pseudoexon insertion. This new approach achieved an F1-score of 0.82, outperforming single-organization models (0.57-0.75). These results demonstrate that FL substantially improves diagnostic utility and generalizability compared to isolated institutional models. Beyond enabling more accurate diagnosis, we anticipate that this approach will support the interpretation of variants of uncertain significance and guide the prioritization of sequencing strategies to identify novel pathogenic variants.
- Abstract(参考訳): コラーゲンVI関連ジストロフィ(COL6-RD)などの稀な疾患の診断への機械学習(ML)の適用は、利用可能なデータの不足と断片化によって根本的に制限される。
規制の異なる病院、機関、国をまたいでサンプリングを拡大しようとする試みは、しばしば克服が難しい厳しいプライバシー、規制、物流上の障害に直面している。
フェデレートラーニング(FL)は、患者データをローカルとプライベートに保ちながら、分散データセット間で協調的なモデルトレーニングを可能にする、有望なソリューションを提供する。
今回我々は,COL6-RDの診断のために,COL6-RDの診断に2つの国際組織で分散データセットにわたるFLを利用するSherpa.ai FLプラットフォームを用いた,新たなグローバルFLイニシアティブを報告した。
その結果,COL6-RDに関連する3つの病原性メカニズム群(exon skipping,glycine substitution, pseudoexon insert)にコラーゲンVIのイメージを分類できるMLモデルが得られた。
この新しいアプローチはF1スコア0.82を達成し、単一組織モデル(0.57-0.75)を上回った。
これらの結果から,FLは独立した機関モデルと比較して診断の有用性と一般化性を大幅に向上することが示された。
より正確な診断を可能にするだけでなく、本手法は不確実な意味の変種を解釈し、新規な病原性変種を同定するためのシークエンシング戦略の優先順位付けを支援することを期待する。
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