論文の概要: Towards protein folding pathways by reconstructing protein residue networks with a policy-driven model
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2604.04677v1
- Date: Mon, 06 Apr 2026 13:44:25 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-04-07 15:49:19.206355
- Title: Towards protein folding pathways by reconstructing protein residue networks with a policy-driven model
- Title（参考訳）: タンパク質残基ネットワークをポリシー駆動モデルで再構築したタンパク質の折り畳み経路を目指して
- Authors: Susan Khor,
- Abstract要約: 適切なノード選択とエッジ回復ポリシーを用いてタンパク質残基ネットワークを再構築する手法。
Pearson's correlation coefficient -0.83 with published folding rate for 52 two-state folders and 21 multi-state folders。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: A method that reconstructs protein residue networks using suitable node selection and edge recovery policies produced numerical observations that correlate strongly (Pearson's correlation coefficient < -0.83) with published folding rates for 52 two-state folders and 21 multi-state folders; correlations are also strong at the fold-family level. These results were obtained serendipitously with the ND model, which was introduced previously, but is here extended with policies that dictate actions according to feature states. This result points to the importance of both the starting search point and the prevailing condition (random seed) for the quick success of policy search by a simple hill-climber. The two conditions, suitable policies and random seed, which (evidenced by the strong correlation statistic) setup a conducive environment for modelling protein folding within ND, could be compared to appropriate physiological conditions required by proteins to fold naturally. Of interest is an examination of the sequence of restored edges for potential as plausible protein folding pathways. Towards this end, trajectory data is collected for analysis and further model evaluation and development.
- Abstract（参考訳）: 適切なノード選択とエッジリカバリポリシを用いてタンパク質残基ネットワークを再構築する手法は,52の2状態フォルダと21の多状態フォルダの折りたたみ速度と強く相関する数値的な観測(ピアソン相関係数<-0.83)を生成した。
これらの結果は、以前に紹介されたNDモデルとセレンディピティー的に得られたが、ここでは特徴状態に応じて行動を決定するポリシーで拡張されている。
この結果から,簡単な登山者による政策探索を迅速に行うためには,開始点と普及条件(ランダムシード)の両方が重要であることが示唆された。
ND内でタンパク質の折りたたみをモデル化するための共生環境を構築するための適切なポリシーとランダムシードの2つの条件は、タンパク質が自然に折りたたむために必要な適切な生理的条件と比較できる。
興味あることは、タンパク質の折り畳み経路として潜在的に修復されたエッジの配列を調べることである。
この目的のために、軌道データを収集して分析し、さらなるモデル評価と開発を行う。
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