論文の概要: ConforNets: Latents-Based Conformational Control in OpenFold3

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2604.18559v1
• Date: Mon, 20 Apr 2026 17:47:31 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-04-21 21:52:53.029498
• Title: ConforNets: Latents-Based Conformational Control in OpenFold3
• Title（参考訳）: ConforNets: OpenFold3における遅延ベースのコンフォーメーション制御
• Authors: Minji Lee, Colin Kalicki, Minkyu Jeon, Aymen Qabel, Alisia Fadini, Mohammed AlQuraishi,
• Abstract要約: AlphaFold(AF)ファミリーのモデルでは、よく秩序づけられたタンパク質の1つの支配的なコンフォメーションを確実に予測するが、生物学的に関係のある代替状態を捉えるのに苦労する。 本稿では,AF3アーキテクチャにおける摂動表現の最適位置と操作方法について検討する。 従来の方法とは異なり、ConforNetsはAF3表現をグローバルに修飾し、タンパク質間で再利用する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 8.064595109033691
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Models from the AlphaFold (AF) family reliably predict one dominant conformation for most well-ordered proteins but struggle to capture biologically relevant alternate states. Several efforts have focused on eliciting greater conformational variability through ad hoc inference-time perturbations of AF models or their inputs. Despite their progress, these approaches remain inefficient and fail to consistently recover major conformational modes. Here, we investigate both the optimal location and manner-of-operation for perturbing latent representations in the AF3 architecture. We distill our findings in ConforNets: channel-wise affine transforms of the pre-Pairformer pair latents. Unlike previous methods, ConforNets globally modulate AF3 representations, making them reusable across proteins. On unsupervised generation of alternate states, ConforNets achieve state-of-the-art success rates on all existing multi-state benchmarks. On the novel supervised task of conformational transfer, ConforNets trained on one source protein can induce a conserved conformational change across a protein family. Collectively, these results introduce a mechanism for conformational control in AF3-based models.
• Abstract（参考訳）: AlphaFold(AF)ファミリーのモデルでは、よく秩序づけられたタンパク質の1つの支配的なコンフォメーションを確実に予測するが、生物学的に関係のある代替状態を捉えるのに苦労する。 いくつかの試みは、AFモデルまたはそれらの入力のアドホックな推測時間摂動を通して、より大きなコンフォメーション変動をもたらすことに重点を置いている。 それらの進歩にもかかわらず、これらのアプローチは非効率であり、主要なコンフォメーションモードを継続的に回復することができない。 本稿では,AF3アーキテクチャにおける摂動表現の最適位置と操作方法について検討する。 本研究はConforNetsで,Pairformer 対潜水剤のチャネルワイドアフィン変換について検討した。 従来の方法とは異なり、ConforNetsはAF3表現をグローバルに修飾し、タンパク質間で再利用する。 教師なしの代替状態の生成では、ConforNetsは既存のマルチステートベンチマークで最先端の成功率を達成する。 コンフォネットは、新規なコンフォメーショントランスファーのタスクにおいて、あるソースタンパク質で訓練され、タンパク質ファミリー間で保存されたコンフォメーション変化を誘導することができる。 これらの結果は、AF3モデルにおけるコンフォメーション制御のメカニズムを総合的に導入する。

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