論文の概要: Biomedical systems biology workflow orchestration and execution with PoSyMed
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2604.20906v1
- Date: Tue, 21 Apr 2026 20:20:58 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-04-24 14:40:06.082044
- Title: Biomedical systems biology workflow orchestration and execution with PoSyMed
- Title（参考訳）: PoSyMedによるバイオメディカルシステム生物学ワークフローのオーケストレーションと実行
- Authors: Simon Süwer, Zoe Chervontseva, Kester Bagemihl, Jan Baumbach, Olga Tsoy, Andreas Maier,
- Abstract要約: PoSyMedは、バイオインフォマティクスツールとツールの統合、構成、実行を制御するオープンでモジュール化されたプラットフォームである。
PoSyMedはバックエンド中心のプラットフォームアーキテクチャとフォーマルなツール記述、コンテナベースのビルドと実行プロセスのコントロール、永続的なワークフロー状態、対話ベースのユーザインターフェースを組み合わせたものだ。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.2613377085614417
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: The rapid growth of scientific software has created practical barriers for bioinformatics research. Although powerful statistical, artificial intelligence (AI)-based methods are now widely available, their effective use is often hindered by fragmented distribution, inconsistent documentation, complex dependencies, and difficult-to-reproduce execution environments. As a result, reusing published tools and workflow adaptation to own date remains technically demanding and time-intensive, even for experienced users. Here, we present PoSyMed, an open and modular platform for the controlled integration, composition, and execution of bioinformatics tools and workflows. PoSyMed combines a backend-centered platform architecture with formal tool descriptions, controlled container-based build and execution processes, persistent workflow state, and a dialogue-based user interface. Large language models (LLM) are integrated not as autonomous decision-makers, but as human-computer interface with bounded semantic assistants that help identify tools, propose workflow steps, and support parameterization within a typed, validated, and human-supervised execution environment. PoSyMed is designed to improve reproducibility, traceability, and transparency in practical biomedical analysis within one platform. We describe the system architecture and evaluate its behavior across representative biological software scenarios with respect to workflow support, interaction design, and platform extensibility. PoSyMed is publicly available at https://apps.cosy.bio/posymed.
- Abstract（参考訳）: 科学ソフトの急速な成長は、バイオインフォマティクス研究のための実践的な障壁を生み出した。
強力な統計、人工知能(AI)ベースの手法が現在広く利用可能になっているが、その効果的な利用は、断片化された配布、一貫性のないドキュメント、複雑な依存関係、実行環境の再現が困難であることが多い。
結果として、公開ツールの再利用と独自の日付へのワークフロー適応は、経験豊富なユーザでさえ、技術的に要求され、時間を要するままである。
本稿では、バイオインフォマティクスツールとワークフローの統合、構成、実行を制御するオープンでモジュール化されたプラットフォームであるPoSyMedを紹介する。
PoSyMedはバックエンド中心のプラットフォームアーキテクチャとフォーマルなツール記述、コンテナベースのビルドと実行プロセスのコントロール、永続的なワークフロー状態、対話ベースのユーザインターフェースを組み合わせたものだ。
大規模言語モデル(LLM)は、自律的な意思決定者としてではなく、ツールを特定し、ワークフローステップを提案し、型付き、検証され、人間によって監督された実行環境内でパラメータ化をサポートする、有界なセマンティックアシスタントを備えたヒューマンコンピュータインターフェースとして統合されている。
PoSyMedは、再現性、トレーサビリティ、透明性を向上させるように設計されている。
システムアーキテクチャを記述し、ワークフローのサポート、インタラクション設計、プラットフォームの拡張性に関して、その振る舞いを代表的生物ソフトウェアシナリオにわたって評価する。
PoSyMedはhttps://apps.cosy.bio/posymed.comで公開されている。
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