論文の概要: Agentic AI platforms for autonomous training and rule induction of human-human and virus-human protein-protein interactions
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2604.23924v1
- Date: Mon, 27 Apr 2026 00:47:35 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-04-28 17:12:07.680375
- Title: Agentic AI platforms for autonomous training and rule induction of human-human and virus-human protein-protein interactions
- Title(参考訳): 人-ヒト-ウイルス-ヒト蛋白質間相互作用の自律的訓練とルール誘導のためのエージェントAIプラットフォーム
- Authors: Hung N. Do, Jessica Z. Kubicek-Sutherland, Oscar A. Negrete, S. Gnanakaran,
- Abstract要約: 我々はAIエージェントに2つの別々のエージェントAIプラットフォームを構築するよう指示する。
1つは、人間とウイルスと人間のPPIのための予測MLモデルの自律的なトレーニングである。
もう一つは、ヒトおよびウイルスヒトPPIを規定する明示的な一般規則を誘導するためのものである。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: We instruct an AI agent to construct two separate agentic AI platforms: one for autonomous training of predictive ML models for human-human and virus-human PPI, and the other for inducing explicit general rules governing human-human and virus-human PPI. The first agentic AI platform for autonomous training of predictive ML models for PPI is designed to consist of five AI agents that handle autonomous data collection, data verification, feature embedding, model design, and training and validation on three-way protein-disjoint cross-fold datasets. For human-human and human-virus PPIs, the final three-way protein-disjoint ensemble achieves an accuracy of 87.3% and 86.5%, respectively. For cross-checking and interpretability purposes, the second agentic AI platform is designed to replace ML predictions with human-readable rules derived from protein embeddings, physicochemical autocovariance descriptors, compartment annotations, pathway-domain overlap, and graph contexts. For human-human PPI, it is defined by a two-rule induction, whereas human-virus is induced by a more complex set of weighted rules. The rules induced by the second agentic platform align with the SHAP-identified features from the predictive ML models built by the first agentic platform. Taken together, our work demonstrates the agentic AI's ability to orchestrate from data planning to execution, and from rule induction to explanation in ML, opening the door to various applications.
- Abstract(参考訳): 我々は、AIエージェントに2つのエージェントAIプラットフォームを構築するよう指示する。1つは、人間-ヒトとウイルス-ヒトPPIの予測MLモデルの自律的訓練のためのものであり、もう1つは、人間-ヒトとウイルス-ヒトPPIを規定する明示的な一般的なルールを誘導するためのものである。
PPI用の予測MLモデルの自律的なトレーニングのための最初のエージェントAIプラットフォームは、自律的なデータ収集、データ検証、機能埋め込み、モデル設計、3方向のタンパク質非結合データセットでのトレーニングと検証を処理する5つのAIエージェントで構成されるように設計されている。
ヒトとヒトのPPIでは、最後の3方向のタンパク質結合のアンサンブルは、それぞれ87.3%と86.5%の精度を達成している。
相互チェックと解釈性のために、第2のエージェントAIプラットフォームは、ML予測を、タンパク質の埋め込み、物理化学的自己共分散記述子、コンパートメントアノテーション、経路-ドメイン重複、グラフコンテキストから導かれる可読性ルールに置き換えるように設計されている。
ヒト-ヒトPPIでは2ルールの誘導によって定義されるが、ヒト-ウイルスはより複雑な重み付けされた規則によって誘導される。
第2のエージェントプラットフォームによって引き起こされるルールは、第1のエージェントプラットフォームによって構築された予測MLモデルのSHAP識別された特徴と一致している。
我々の研究は、エージェントAIがデータプランニングから実行まで、ルールインジェクションからMLの説明まで、さまざまなアプリケーションへの扉を開く能力を示している。
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