論文の概要: NucEval: A Robust Evaluation Framework for Nuclear Instance Segmentation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.03144v1
- Date: Mon, 04 May 2026 20:33:42 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-05-06 19:35:43.645539
- Title: NucEval: A Robust Evaluation Framework for Nuclear Instance Segmentation
- Title(参考訳): NucEval: 原子力インスタンスセグメンテーションのためのロバストな評価フレームワーク
- Authors: Amirreza Mahbod, Ramona Woitek, Jeanne Shen,
- Abstract要約: 核インスタンスセグメンテーションは、計算病理学の基本的な課題である。
本研究では,核インスタンスのセグメンテーション評価に関連する4つの重要な課題を同定する。
提案手法は,曖昧な領域の処理,正規化のスコア化,重複インスタンスのオーバラップ,境界不確実性などの修正を,NucEvalと呼ばれる統一フレームワークに統合する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.9955922799837783
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: In computational pathology, nuclear instance segmentation is a fundamental task with many downstream clinical applications. With the advent of deep learning, many approaches, including convolutional neural networks (CNNs) and vision transformers (ViTs), have been proposed for this task, along with both machine learning-based and non-machine learning-based pre- and post-processing techniques to further boost performance. However, one fundamental aspect that has received less attention is the evaluation pipeline. In this study, we identify four key issues associated with nuclear instance segmentation evaluation and propose corresponding solutions. Our proposed modifications, namely handling vague regions, score normalization, overlapping instances, and border uncertainty, are integrated into a unified framework called NucEval, which enables robust evaluation of nuclear instance segmentation. We evaluate this pipeline using the NuInsSeg dataset, which provides unique characteristics that make it particularly suitable for this study, as well as two additional external datasets, with three CNN- and ViT-based nuclear instance segmentation models, to demonstrate the impact of these modifications on instance segmentation metrics. The code, along with complete guidelines and illustrative examples, is publicly available at: https://github.com/masih4/nuc_eval.
- Abstract(参考訳): 計算病理学において、核インスタンスセグメンテーションは多くの下流臨床応用において基本的な課題である。
ディープラーニングの出現に伴い、畳み込みニューラルネットワーク(CNN)やビジョントランスフォーマー(ViT)を含む多くのアプローチが提案され、機械学習ベースと非機械学習ベースの前処理と後処理技術の両方がパフォーマンスをさらに向上する。
しかし、あまり注目されなかった基本的な側面は、評価パイプラインである。
本研究では,核インスタンスのセグメンテーション評価に関連する4つの重要な問題を特定し,対応する解を提案する。
提案手法は, 曖昧な領域の処理, スコア正規化, 重複インスタンス, 境界不確実性を両立させ, 核インスタンスセグメンテーションの堅牢な評価を可能にする, NucEval と呼ばれる統一フレームワークに統合する。
我々は、このパイプラインをNuInsSegデータセットを用いて評価し、この研究に特に好適な特徴を提供するとともに、3つのCNNおよびViTベースの核インスタンスセグメンテーションモデルを持つ2つの外部データセットを使用して、これらの修正がインスタンスセグメンテーションメトリクスに与える影響を実証する。
コードは完全なガイドラインとイラストレーションの例とともに、https://github.com/masih4/nuc_eval.comで公開されている。
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