論文の概要: A-CODE: Fully Atomic Protein Co-Design with Unified Multimodal Diffusion

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.03360v1
• Date: Tue, 05 May 2026 04:41:14 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-05-06 19:35:43.769318
• Title: A-CODE: Fully Atomic Protein Co-Design with Unified Multimodal Diffusion
• Title（参考訳）: A-CODE: 統一多モード拡散による完全原子タンパク質共設計
• Authors: Chaoran Cheng, Jiaqi Guan, Milong Ren, Chengyue Gong, Cong Liu, Xinshi Chen, Ge Liu, Wenzhi Xiao,
• Abstract要約: A-CODEは、完全に原子化された1段階のタンパク質共設計モデルである。 離散原子型と連続原子座標を同時に洗練する。 A-CODEは無条件タンパク質生成のための優れた設計性を実現する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 31.733226581281006
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: We present A-CODE, a fully atomic unified one-stage protein co-design model that simultaneously refines discrete atom types and continuous atom coordinates. Unlike predominant two-stage methods that cascade structure design with amino acid-level sequence design, our approach is fully atomic within a unified multimodal diffusion framework, in which residue identities are inferred solely from atom-level predictions. Built upon the powerful all-atom architecture, A-CODE achieves superior designability for unconditional protein generation, outperforming all existing one-stage and two-stage design models. For binder design, A-CODE rivals and even outperforms existing state-of-the-art two-stage design models and, compared with the existing one-stage co-design model, achieves a drastic tenfold improvement in success rate on hard tasks. The inherent flexibility of our atomic formulation enables, for the first time, seamless adaptation to non-canonical amino acid (ncAA) modeling. Our fully atomic framework establishes a new, versatile foundation for all-atom generative modeling that can be naturally extended to complex biomolecular systems.
• Abstract（参考訳）: A-CODE(A-CODE)は、独立原子型と連続原子座標を同時に洗練する完全原子統一一段階タンパク質共設計モデルである。 アミノ酸レベルの配列設計でカスケード構造を設計する主な2段階法とは異なり,本手法は原子レベルの予測のみから残基の同定を行う統一多モード拡散フレームワークにおいて完全に原子性である。 強力な全原子アーキテクチャを基盤として、A-CODEは無条件タンパク質生成の優れた設計性を実現し、既存の1段階および2段階の設計モデルよりも優れている。 バインダー設計では、A-CODEは既存の最先端の2段階設計モデルよりも優れており、既存の1段階の共同設計モデルと比較して、ハードタスクの成功率が大幅に10倍改善されている。 我々の原子定式化の固有の柔軟性は、初めて非カノニカルアミノ酸(ncAA)モデリングへのシームレスな適応を可能にします。 我々の完全に原子の枠組みは、複雑な生体分子システムに自然に拡張できる全原子生成モデリングのための、新しい汎用的な基盤を確立する。

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