論文の概要: Generating Physically Consistent Molecules with Energy-Based Models
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.18381v1
- Date: Mon, 18 May 2026 13:26:52 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-05-19 17:57:49.631264
- Title: Generating Physically Consistent Molecules with Energy-Based Models
- Title（参考訳）: エネルギーモデルを用いた物理的に安定な分子の生成
- Abstract要約: 原子付加スカラー電位を明示的シミュレーションなしで学習することにより誘導バイアスを復元するエネルギーベースモデルであるEMMolを導入する。
EBMolは、QM9とGEOM-Drugsの最先端性能を達成した最初の3D分子生成用ESMである。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 6.4105959373235875
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Molecules in equilibrium follow a Boltzmann distribution, making the underlying energy landscape a physically grounded modeling objective. However, such landscapes are difficult to learn from data and, once learned, hard to sample from. Diffusion and flow-matching models sidestep these difficulties by learning a time-conditional score or transport field between noise and data, losing the energy inductive bias in exchange for a more tractable training objective. We introduce EBMol, an energy-based model (EBM) that restores this inductive bias by learning an atom-additive scalar potential without explicit simulation during training. Our method employs a flow-inspired Restoring Field Matching objective to approximate the energy landscape. We adopt the Mirror-Langevin algorithm for sampling, enabling unified updates of atomic positions and types, and incorporate parallel tempering for inference-time compute scaling. EBMol is the first EBM for 3D molecular generation to achieve state-of-the-art performance on QM9 and GEOM-Drugs. Moreover, we show that the learned energy landscape serves as a principled quality metric for ranking and filtering configurations, and demonstrate controllable generation without retraining through shape-steered sampling via potential composition and zero-shot linker design.
- Abstract（参考訳）: 平衡の分子はボルツマン分布に従い、基礎となるエネルギー景観を物理的に基底としたモデリング対象とする。
しかし、このような風景はデータから学ぶことは困難であり、一度学ぶとサンプルから学ぶことは困難である。
拡散と流れマッチングモデルは、時間条件のスコアやノイズとデータ間の移動場を学習することでこれらの困難を回避し、よりトラクタブルなトレーニング目標と引き換えにエネルギー誘導バイアスを失う。
EBMolは,原子付加スカラー電位をトレーニング中に明示的なシミュレーションなしで学習することで,この誘導バイアスを復元するエネルギーベースモデルである。
本手法では, エネルギー景観を近似するために, フローインスパイアされた復元フィールドマッチングの目的を用いる。
我々は、サンプリングにMirror-Langevinアルゴリズムを採用し、原子位置と型を統一的に更新し、並列テンパリングを推論時計算スケーリングに組み込む。
EBMolは、QM9とGEOM-Drugsの最先端性能を達成した最初の3D分子生成用ESMである。
さらに,学習エネルギーのランドスケープは,構成のランク付けとフィルタリングの原則的品質指標として機能し,電位組成とゼロショットリンカー設計による形状制御サンプリングを経由せずに,制御可能な生成を示す。
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