論文の概要: ImPartial: Multi-channel Whole-Cell Segmentation using Partial Annotations
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.24128v1
- Date: Fri, 22 May 2026 18:42:46 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-05-26 19:50:17.642654
- Title: ImPartial: Multi-channel Whole-Cell Segmentation using Partial Annotations
- Title(参考訳): ImPartial: 部分アノテーションを用いたマルチチャネル全セルセグメンテーション
- Authors: Gunjan Shrivastava, Saad Nadeem,
- Abstract要約: ImPartialは、低アノテーション方式で最先端のセグメンテーション性能を実現するために設計されたフレームワークである。
ImPartialは、自己教師型マルチチャネル量子化計算によってセグメンテーションの目的を拡大する。
我々は、ImPartialが完全に教師されたモデルと同等に機能し、アノテーションをかなり少なくすることを示した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 1.4781921087738967
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Accurate cell segmentation in pathology images typically requires dense pixel-wise annotations, which are costly and time-consuming to obtain. This challenge is especially important for emerging biological imaging modalities and multiplexed datasets with variable channel configurations, where expert-labeled data are scarce. In this work, we introduce ImPartial, a deep learning framework designed to achieve state-of-the-art segmentation performance in low-annotation regimes using sparse scribbles and limited supervision. ImPartial augments the segmentation objective via self-supervised multi-channel quantized imputation. This approach leverages the observation that perfect pixel-wise reconstruction or denoising of the image is not needed for accurate segmentation, and thus, introduces a self-supervised classification objective that better aligns with the overall segmentation goal. We demonstrate that ImPartial achieves performance at par with fully supervised models while requiring substantially fewer annotations. Extensive experiments on benchmark multiplexed cellular imaging and single-plex clinical brightfield immunohistochemistry datasets show consistent improvements over strong baselines with only partial annotations. All benchmark datasets and code are available via our Github: https://github.com/nadeemlab/ImPartial.
- Abstract(参考訳): 病理画像における正確な細胞セグメンテーションは、通常、高解像度のピクセル単位のアノテーションを必要とする。
この課題は、専門的なラベル付きデータが不足している、生物画像モダリティや可変チャネル構成の多重データセットの出現に特に重要である。
本研究では,スパース・スクリブルと限られた監督力を用いた低アノテーション体制における最先端のセグメンテーション性能を実現するためのディープラーニングフレームワークImPartialを紹介する。
ImPartialは、自己教師型マルチチャネル量子化計算によってセグメンテーションの目的を拡大する。
このアプローチは, 画像の完全化やデノナイズが正確なセグメンテーションには必要ないという観察を活かし, 全体セグメンテーションの目標と整合する自己監督型分類の目的を導入する。
我々は、ImPartialが完全に教師されたモデルと同等のパフォーマンスを達成し、アノテーションをかなり少なくすることを示した。
ベンチマーク多重細胞イメージングと単一複合体臨床光電顕免疫組織化学データセットの広範囲な実験は、部分的なアノテーションだけで強いベースラインよりも一貫した改善を示した。
すべてのベンチマークデータセットとコードは、Githubから入手可能です。
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