論文の概要: MDForge: Agentic Molecular Dynamics Pipeline Design under Sparse Simulator Feedback

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2606.12916v1
• Date: Thu, 11 Jun 2026 05:19:41 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-06-12 15:55:27.597955
• Title: MDForge: Agentic Molecular Dynamics Pipeline Design under Sparse Simulator Feedback
• Title（参考訳）: MDForge:スパースシミュレータフィードバックによるエージェント分子動力学パイプライン設計
• Authors: Zehong Wang, Yijun Ma, Connor R. Schmidt, Tianyi Ma, Weixiang Sun, Ziming Li, Xiaoguang Guo, Chuxu Zhang, Matthew J. Webber, Yanfang Ye,
• Abstract要約: 分子動力学(英: molecular dynamics、MD)は、第一原理物理学から分子の挙動をシミュレートする、原子論的な分子科学の標準的イン・シリコ法である。 MDForgeは、コンテキスト内更新ルールが、物理学の専門家間のマルチエージェントの議論を通じて、スパース報酬を具現化するエージェントである。 3つのSAMPLホストゲストバインディングフリーエネルギーベンチマークにおいて、MDForgeは人間の専門家と競合するMDパイプラインを自動設計する。 そのCB[7]パイプラインは、ウェットラブ競合NMRが高親和性、ピコモルCB[7]結合体であることを確認する新しいバインダーを発見する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 37.18099328639044
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Molecular dynamics (MD) is the canonical in-silico method for atomistic molecular science, simulating molecular behavior from first-principle physics. Designing an MD pipeline for a new system requires substantial expert knowledge: running it on even one molecule is expensive, ruling out trial-and-error. We automate this expert pipeline-design process with an LLM agent. Unlike existing MD agents that orchestrate a predefined tool set, we treat pipeline design as open-ended code generation in which the agent's behavior is reshaped online by verbal reward. Specifically, we build MDForge, an LLM agent whose in-context update rule densifies the sparse reward via a multi-agent debate among physics experts. On three SAMPL host-guest binding free-energy benchmarks, MDForge automatically designs MD pipelines competitive with human experts. Deployed on a library of unseen candidate guests, its CB[7] pipeline discovers a novel binder that wet-lab competition NMR confirms is a high-affinity, picomolar CB[7] binder. Our data and code are available at https://github.com/Zehong-Wang/MDForge.
• Abstract（参考訳）: 分子動力学(英: molecular dynamics、MD)は、第一原理物理学から分子の挙動をシミュレートする、原子論的な分子科学の標準的イン・シリコ法である。 新しいシステムのためにMDパイプラインを設計するには、専門家の知識が必要だ。 LLMエージェントを用いてパイプライン設計プロセスを自動化する。 事前定義されたツールセットを編成する既存のMDエージェントとは異なり、パイプライン設計をオープンなコード生成として扱う。 具体的には、MDForgeという、コンテキスト内更新ルールが、物理学の専門家間のマルチエージェントの議論を通じてスパース報酬を具現化するLLMエージェントを構築した。 3つのSAMPLホストゲストバインディングフリーエネルギーベンチマークにおいて、MDForgeは人間の専門家と競合するMDパイプラインを自動設計する。 CB[7]パイプラインは、ウェットラブ競合NMRが高親和性、ピコモルCB[7]バインダーであることを確認する新しいバインダーを発見する。 私たちのデータとコードはhttps://github.com/Zehong-Wang/MDForge.comで公開されています。

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