論文の概要: OxyMake: A Formally-Specified, Content-Addressable Workflow Engine
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2606.20989v2
- Date: Tue, 23 Jun 2026 13:07:43 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-06-24 22:16:48.313569
- Title: OxyMake: A Formally-Specified, Content-Addressable Workflow Engine
- Title（参考訳）: OxyMake: 形式化された、コンテンツ対応のワークフローエンジン
- Authors: Emmanuel Sérié,
- Abstract要約: Rustエンジンはプロキシをcontent-addressedキャッシュキーに置き換える。
仕様は宣言的かつ静的に解析可能であり、Makeルールモデルを保ち、Snakemakeパイプラインを直接ポートする。
実行は、協調的なクレーム/リコールプロトコルを介してデーモンフリーである。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Make-lineage workflow runners decide whether a job must re-run from file-modification time (mtime, a timestamp) -- a broken proxy for the question that matters: did the content change? A git checkout, a tree copy, or a backup restore rewrites mtimes without touching content, forcing spurious re-execution; and in the reverse case -- when an output looks newer than its inputs but its content is stale -- the stale output is silently reused. (Snakemake 7's per-output provenance survives this churn, as local bookkeeping; GNU Make and pure-mtime fast paths are where it bites.) OxyMake, a single-binary Rust workflow engine, replaces the proxy with a content-addressed cache key: a BLAKE3 hash of rule source, input content, parameters, environment, and platform. Because the key is a pure function of these declared inputs, the caching decision survives mtime churn and travels across same-platform machines and shared caches. Phantom re-runs vanish for declared inputs (no sandbox: an undeclared input is invisible to the key). The spec stays declarative and statically parseable, keeping the Make rule model so Snakemake pipelines port directly. DAG resolution is an order of magnitude faster than Snakemake's on large graphs, but a cold end-to-end run is slower -- the price of content-addressed bookkeeping -- repaid several-fold on the warm re-run that caching exists to serve (exact figures, hardware, and a bundled reproducer are in the evaluation). Execution is daemon-free via a cooperative claim/reclaim protocol (sessions claim jobs, reclaiming stalled ones); today two sessions duplicate work safely rather than coordinate, and wiring the protocol as a hard execution gate is staged, not yet done. Cross-session safety is specified in TLA+ and model-checked over all interleavings for 2-3 sessions, assuming atomic state commits. A plan-of-record lockfile and NDJSON event stream record exactly what ran.
- Abstract（参考訳）: メークラインジュワークフローのランナーは、ジョブがファイル修正時間(mtime, a timetamp)から再実行すべきかどうかを判断します。
gitチェックアウト、ツリーコピー、あるいはバックアップの復元は、コンテンツに触れることなくmtimeを書き換え、急激な再実行を強制する。
(Snakemake 7のアウトプット当たりの出所は、ローカルの簿記として、GNU Makeと純粋なmtime fast pathsが噛まれる場所である。)
単一バイナリのRustワークフローエンジンであるOxyMakeは、プロキシをコンテント適応キャッシュキー(BLAKE3ハッシュのルールソース、入力コンテンツ、パラメータ、環境、プラットフォーム)に置き換える。
キーはこれらの宣言された入力の純粋関数であるため、キャッシュ決定はmtimechurnに留まり、同じプラットフォームマシンと共有キャッシュを横断します。
Phantomは、宣言された入力(サンドボックス:宣言されていない入力はキーに見えない)のために、再び消滅する。
仕様は宣言的かつ静的に解析可能であり、Makeルールモデルを保ち、Snakemakeパイプラインを直接ポートする。
DAGの解像度は、大きなグラフ上のSnakemakeよりも桁違いに速いが、コールドエンド・ツー・エンドのラン -- コンテンツ適応型ブックキーピングの価格 -- は、キャッシュが存在する温かい再実行時に何倍も返済される(具体的な数字、ハードウェア、バンドルされた複製器が評価されている)。
実行は、協調的なクレーム/リユースプロトコル(セッションのクレームジョブ、停止したクレームのリユース)を通じてデーモンフリーであり、今日では2つのセッションがコーディネートではなく安全に複製され、プロトコルをハードな実行ゲートとして配線する。
クロスセッション安全性はTLA+で規定され、原子状態コミットを仮定して、2～3セッションですべてのインターリーブ上でモデルチェックされる。
Plan-of-recordロックファイルとNDJSONイベントストリームは、実行したことを正確に記録する。
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