論文の概要: AEGIS: Assay-Aware Protocol Validation and Runtime Monitoring for Open-Source Liquid Handling Robots
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2607.15620v1
- Date: Fri, 17 Jul 2026 04:39:04 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-07-20 17:56:52.749706
- Title: AEGIS: Assay-Aware Protocol Validation and Runtime Monitoring for Open-Source Liquid Handling Robots
- Title(参考訳): AEGIS:オープンソースの液体処理ロボットのプロトコル検証と実行監視
- Abstract要約: 本稿では,オープンソースの液体ハンドラの2層保護体であるAEGISを紹介する。
OT-2 Python コードに原因がある LLM による機械可読性アッセイルールデータベース。
レイヤ2はPCAワールドモデルとYOLOクロッピングされた4フレームのピペットトラジェクトリに適合する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 5.085084241476424
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Self-driving laboratories increasingly rely on low-cost liquid handlers such as the Opentrons OT-2, which ship without the pressure-based aspiration monitoring of Hamilton or Tecan systems and are typically run open-loop. Two failure modes go undetected: protocols that are syntactically valid but violate assay-specific invariants (e.g., tip reuse between a PCR template and a no-template control), and physical execution failures (partial dispense, air bubbles, missing tips) at runtime. We present AEGIS, a two-layer guardian for both. Layer 1 pairs a curated machine-readable assay rule database with an LLM that reasons over OT-2 Python code, reaching an adjusted F1 of 0.97 on a 24-protocol benchmark across five assay families and beating rules-only and LLM-only ablations across five backends; a free open-weight model ties the best proprietary one, so no paid API is required. Layer 2 fits a PCA world model to YOLO-cropped four-frame pipette trajectories; under a leakage-free leave-one-plate-out evaluation it reaches average precision 0.89 and operating-point F1 0.71 (AUROC 0.80), a deployment-faithful number that matches the live demonstration, and we characterize the small-pipette (p20) resolution limit (F1 0.47). A live demonstration on a physical OT-2 (five replicates per condition) catches planted no-tip failures deterministically and partial dispense on coloured dyes, with an always-VLM self-vote gate lifting partial-dispense recall to 5/5; transparent water is a principled limit of any front-view-only monitor, which AEGIS surfaces as low-confidence VLM reasoning rather than a wrong verdict. Cascade triage holds VLM cost near $1.63 per plate versus $10.33 for an always-VLM baseline. AEGIS is open source and, to our knowledge, the first system to unify pre-flight assay-aware validation with runtime visual monitoring for an open-source liquid handler.
- Abstract(参考訳): 自動運転研究所は、ハミルトンやテカンシステムの圧力による吸引監視を伴わずに出荷されるOpentrons OT-2のような低コストの液体ハンドラをますます頼りにしており、通常はオープンループを走らせている。
構文的に有効だがアッセイ固有の不変性(PCRテンプレートと非テンプレートコントロール間のチップ再利用など)に違反するプロトコルと、実行時の物理的実行障害(部分ディスペンサー、気泡、欠落チップ)である。
AEGISはどちらも二層保護体である。
Layer 1は、マシン可読なアサージルールデータベースと、OT-2 Pythonコードよりも高い理由をLLMとペアリングし、5つのアサージファミリにわたる24プロトコールベンチマークで0.97の調整済みF1に達し、5つのバックエンドでルールのみとLLMのみのアブリケーションを破り、フリーなオープンウェイトモデルが最高のプロプライエタリなものと結びついているので、有料APIは不要である。
レイヤ2は,PCAワールドモデルとYOLOクロッピングされた4フレームのピペットトラジェクトリに適合し,リークフリーのLeft-one-out評価では平均精度0.89,オペレーティングポイントF1 0.71(AUROC 0.80)に到達し,実演にマッチする展開信頼数,小型ピペット(p20)解像度限界(F1 0.47)を特徴付ける。
物理OT-2(条件ごとの5つの複製)のライブデモでは、色のついた染料を確定的に部分的に欠落させ、常にVLMのセルフボイトゲートで部分的なディスペンシングリコールを5/5まで引き上げ、透明な水は、フロントビューのみのモニターの原則的な限界であり、AIGISは誤った判定ではなく、低信頼のVLM推論として表面化している。
カスケード・トリアージは、常にVLMのベースラインが10.33ドルであるのに対して、VLMの価格は1プレートあたり約1.63ドルである。
AEGISはオープンソースであり、我々の知る限り、オープンソースの液体ハンドラのための実行時視覚監視と飛行前診断の検証を統合する最初のシステムである。
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